Počítačové simulace struktury proteinů pomocí zhrubených modelů
| Thesis title in Czech: | Počítačové simulace struktury proteinů pomocí zhrubených modelů |
|---|---|
| Thesis title in English: | Computer simulations of protein structures using coarse-grained models |
| Key words: | simulace, struktura proteinu, zhrubený model, molekulová dynamika, Monte Carlo |
| English key words: | simulation, protein structure, coarse-grained model, Molecular Dynamics, Monte Carlo |
| Academic year of topic announcement: | 2021/2022 |
| Thesis type: | Bachelor's thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Department of Cell Biology (31-151) |
| Supervisor: | Ing. Lucie Nová, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 15.11.2021 |
| Date of assignment: | 18.11.2021 |
| Confirmed by Study dept. on: | 18.11.2021 |
| Date of electronic submission: | 04.01.2023 |
| Date of proceeded defence: | 07.02.2023 |
| Opponents: | doc. Ing. Zuzana Limpouchová, CSc. |
| Preliminary scope of work |
| Struktura proteinů se určuje na několika úrovních. Rozlišujeme primární (sekvence aminokyselin), sekundární (jejich prostorové uspořádání) a terciární, příp. kvartérní strukturu (prostorové uspořádání i několika řetězcových jednotek). Funkce proteinu je dána především jeho sekundární a terciární strukturou.Tuto strukturu můžeme získat buď experimentálně nebo pomocí výpočetní chemie- modelování.
Náplní této práce je vývoj zhrubených (coarse-grained) modelů proteinu pro počítačové modelování jejich sekundární struktury. Ve zhrubených modelech proteiny vypadají jako řetízky kuliček, kde jednotlivé kuličky představují různé aminokyseliny. Aby takový model poskytoval správné výsledky, je třeba správně nastavit parametry modelu- velikost jednotlivých kuliček a jejich vzájemné přitažlivé a odpudivé interakce. Student/ka bude na základě zákonitostí chování polymerních řetězců a pomocí známých dat o struktuře proteinů vytvářet svůj vlastní zhrubený model proteinu. Tento model bude testovat pomocí simulací s využitím metod molekulové dynamiky a Monte Carla. Výhodou je chuť samostatně programovat/kódovat. |