Molekulární typizace izolátů z komplexu Arthroderma benhamiae, původce epidemické zoonotické dermatofytózy v Evropě

• Thesis title in Czech: Molekulární typizace izolátů z komplexu Arthroderma benhamiae, původce epidemické zoonotické dermatofytózy v Evropě
• Thesis title in English: Molecular typization of isolates from Arthroderma benhamiae complex, a zoonotic agent of epidemic dermatophytosis in Europe
• Key words: dermatofyty, mikrosatelity, epidemiologie, typizační schéma, morče, Arthroderma benhamiae
• English key words: dermatophytes, microsatellites, epidemiology, typization scheme, guinea pig, Arthroderma benhamiae
• Academic year of topic announcement: 2013/2014
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Botany (31-120)
• Supervisor: MUDr. Mgr. Vít Hubka, Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor
• Date of registration: 29.10.2013
• Date of assignment: 08.01.2014
• Date of electronic submission: 13.08.2015
• Date of proceeded defence: 14.09.2015
• Opponents: prof. Ing. Jaroslav Hrabák, Ph.D.

Preliminary scope of work

Dermatofytózy patří k nejběžnějším onemocněním člověka. Většina těchto infekcí je v našich podmínkách působena striktně antropofilním druhem Trichophytom rubrum, který ještě v první polovině 20. století byl druhem velmi vzácně izolovaným a převahu měly druhy přenášené na člověka ze zvířat. Arthroderma benhamiae je dnes spolu s T. interdigitale a Microsporum canis nejčastěším původcem zoonotických dermatofytóz v ČR a působí kolem 40 % těchto infekcí. Hlavním rezervoárem druhu jsou přitom morčata, činčily a králíci, kteří byli na našem území chováni již dávno před epidemií. Před několika lety byl druh A. benhamiae mezi klinickými mykology téměř neznámý a infekce člověka byly velmi vzácné, což dokládají dřívější epidemiologické studie. Podobná situace je i v dalších státech střední a západní Evropy.
Zatím zcela chybí jakékoliv typizační schéma pro druh A. benhamiae, které by objasnilo strukturu populace tohoto druhu a zodpovědělo zejména otázky, zda některé genotypy nalézané u nakažených zvířat jsou více virulentní a zda epidemii způsobuje jen určitý klon? Typizační schéma by také mělo umožnit jednoznačně potvrdit, či vyvrátit zdroj infekce u nakaženého člověka při srovnání s genotypem izolátu z nakaženého zvířete. To může být zejména důležité u chovatelů a profesionálních pracovníků se zvířaty.
Pro diplomovou práci budou použity izoláty A. benhamiae získané z lidských pacientů v ČR, Německu a Belgii a ze stejných lokalit taktéž izoláty z nakažených zvířat. Pro analýzu budou testovány mikrosatelitové lokusy navržené pro příbuzné rody dermatofyt a budou také selektovány nové variabilní lokusy (kompletní genom A. benhamiae je známý). Do analýzy budou zahrnuty také izoláty dvou blízce příbuzných druhů – T verrucosum a T. erinacei. Tyto druhy také působí zoonózy jejichž zdrojem je nakažený skot a ježci. Trichophyton verrucosum je obzvlášť důležitým druhem z hlediska profesionálních nákaz u pracovníků se skotem, a to zejména kvůli dnes již nepovinné vakcinaci skotu v ČR umožňující opětovné objevování těchto nákaz.

Nejdůležitější literární zdroje
Drouot S, Mignon B, Fratti M, Roosje P, Monod M. 2009. Pets as the main source of two zoonotic species of the Trichophyton mentagrophytes complex in Switzerland, Arthroderma vanbreuseghemii and Arthroderma benhamiae. Veterinary dermatology 20: 13-18
Fumeaux J, Mock M, Ninet B, atrice e, Jan I, et al. 2004. First report of Arthroderma benhamiae in Switzerland. Dermatology 208: 244-50
Graser Y, Frohlich J, Presber W, de Hoog S. 2007. Microsatellite markers reveal geographic population differentiation in Trichophyton rubrum. Journal of medical microbiology 56: 1058-65
Kano R, Sano A, Makimura K, Watanabe S, Nishimura K, et al. 2008. A new genotype of Arthroderma benhamiae. Medical mycology : official publication of the International Society for Human and Animal Mycology 46: 739-44
Kraemer A, Hein J, Heusinger A, Mueller R. 2012. Clinical signs, therapy and zoonotic risk of pet guinea pigs with dermatophytosis. Mycoses
Mochizuki T, Kawasaki M, Ishizaki H, Kano R, Hasegawa A, et al. 2001. Molecular epidemiology of Arthroderma benhamiae, an emerging pathogen of dermatophytoses in Japan, by polymorphisms of the non-transcribed spacer region of the ribosomal DNA. Journal of dermatological science 27: 14-20
Ohst T, de Hoog S, Presber W, Stavrakieva V, Graser Y. 2004. Origins of microsatellite diversity in the Trichophyton rubrum-T. violaceum clade (Dermatophytes). J Clin Microbiol 42: 4444-8
Sharma R, de Hoog S, Presber W, Graser Y. 2007. A virulent genotype of Microsporum canis is responsible for the majority of human infections. Journal of medical microbiology 56: 1377-85
Sharma R, Presber W, Rajak RC, Graser Y. 2008. Molecular detection of Microsporum persicolor in soil suggesting widespread dispersal in central India. Medical mycology : official publication of the International Society for Human and Animal Mycology 46: 67-73
Schuelke M. 2000. An economic method for the fluorescent labeling of PCR fragments. Nature biotechnology 18: 233-34
Symoens F, Jousson O, Packeu A, Fratti M, Staib P, et al. 2013. The dermatophyte species Arthroderma benhamiae: intraspecies variability and mating behaviour. Journal of medical microbiology 62: 377-85

Preliminary scope of work in English

The aim of the thesis is to create a typization scheme for the species Arthroderma benhamiae based on microsatellite loci.