hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
Date of registration:
12.10.2022
Date of assignment:
12.10.2022
Confirmed by Study dept. on:
27.01.2023
Preliminary scope of work
Cílem práce je prohledat unikátní sbírku streptomycet izolovaných z klinických vzorků (zejména ze sputa) pacientů s chronickými respiračními obtížemi v ČR se zaměřením na identifikaci kmenů s antibiotickou aktivitou vůči mykobakteriím a vybraným patogenním houbám. Reprezentativní vzorek sbírky bude obsahovat cca 50 kmenů, kritériem výběru bude kromě taxonomické šíře též variabilita diagnóz pacientů. Jako cílové kmeny použijeme v základním screeningu aktivit in vivo klinický kmen Mycobacterium fortuitum, a zároveň klinický kmen Mycobacterium tuberculosis, z hub pak též výhradně klinické izoláty rodu Candida a Aspergillus. Kmeny s aktivitou proti těmto kmenům budou dále testovány proti multirezistentní kmenům M. tuberculosis, Candida a Aspergillus ze sbírky Laboratoře klinické mykologie VFN v Praze. Z kmenů s významnou antimykobakteriální nebo antifungální aktivitou in vivo budou extrahovány extrakty sekundárních metabolitů a jejich biologická aktivita bude ověřena na uvedených modelových organismech diskovým difuzním testem. Extrakty budou analyzovány pomocí LC-MS na přítomnost případných známých biologicky aktivních látek a později použity k frakcionaci a identifikaci nových látek. Motivací k tomuto projektu je v literatuře zcela chybějící podobná systematická studie antimykobakteriálních aktivit streptomycet, přestože se tyto aktinobakterie v ekosystémech bežně potkávají a jsou nepochybně potravními konkurenty. Dále též stoupající incidence výskytu multirezistentních klinických izolátů, jak u mykobakterií, tak u mikromycet, kde dochází k selhávání standardní antimikrobiální léčby.
Preliminary scope of work in English
The aim of the work is to screen a unique collection of streptomycetes isolated from human clinical specimens from patients with chronic respiratory disorders in Czechia, concentrating on identification of strains with antibiotic activities targeting mycobacteria and selected pathogenic micromycetes. Approx. 50 strains will be selected from the collection, the main criterion will be to cover the broadest taxonomic spectrum of the strains and also to reflect the variability of the patient’s anamnestic data. Clinical strain of Mycobacterium fortuitum and M. tuberculosis and then Candida and Aspergillus will be used as a target organisms, from the collection of the Clinical Mycology Laboratory of the General Teaching Hospital in Prague. Secondary metabolite extracts will be prepared from the strains with promising antimycotic and antimycobacterial activities in vivo and their biological activity will be assessed in the above-listed microorganisms by disc diffusion tests. The extracts will be analysed by LC-MS for the presence of already known bioactive compounds and then used for fractionation and isolation of novel compounds. The main motivation of the project are missing systematic studies on antimycobacterial activities of streptomycetes, though these actinobacteria often meet in various ecosystems and compete for nutritional resources. Next, it responds to the growing incidence of multiresistant clinical isolates both of mycobacteria and micromycetes, where traditional antimicrobial treatments fail.
- assigned and confirmed by the Study Dept.