Thesis (Selection of subject)Thesis (Selection of subject)(version: 368)
Thesis details
   Login via CAS
Influence of aminoacid side-chain ionization on protein structure
Thesis title in Czech: Vlivu ionizace postranních řetězců aminokyselin na strukturu proteinu
Thesis title in English: Influence of aminoacid side-chain ionization on protein structure
Key words: protein, zhrubený model, ionizace, acidobázické rovnováhy, molekulové simulace
English key words: protein, coarse-grained model, ionization, acido-basic equlibria, molecular simulation
Academic year of topic announcement: 2022/2023
Thesis type: Bachelor's thesis
Thesis language: angličtina
Department: Department of Physical and Macromolecular Chemistry (31-260)
Supervisor: Ing. Lucie Nová, Ph.D.
Author: Bc. Ema Tomanová - assigned and confirmed by the Study Dept.
Date of registration: 02.12.2022
Date of assignment: 02.12.2022
Confirmed by Study dept. on: 27.01.2023
Date of electronic submission:04.05.2023
Date of proceeded defence: 05.06.2023
Opponents: Anja Muzdalo, Dr.
 
 
 
Advisors: doc. RNDr. Filip Uhlík, Ph.D.
Preliminary scope of work
Struktura proteinů se určuje na několika úrovních. Rozlišujeme primární (sekvence aminokyselin), sekundární (jejich prostorové uspořádání) a terciární, příp. kvartérní strukturu (prostorové uspořádání i několika řetězcových jednotek). Funkce proteinu je dána především jeho sekundární a terciární strukturou.Tuto strukturu můžeme získat buď experimentálně nebo pomocí výpočetní chemie- modelování.
Náplní této práce je studium struktury takovových proteinů, které obsahují aminokyseliny s ionizovatelnými postranními řetězci pomocí zhrubených (coarse-grained) modelů. Ve zhrubených modelech proteiny vypadají jako řetízky kuliček, kde jednotlivé kuličky představují různé aminokyseliny. Aby takový model poskytoval správné výsledky, je třeba správně nastavit parametry modelu- velikost jednotlivých kuliček, jejich vzájemné přitažlivé a odpudivé interakce a jejich ochotu k ionizaci za daných podmínek- pKa.. Ionizace ionizovatelných segmentů se modeluje v reakčním souboru pomocí metody Monte Carlo.
Student/ka bude na základě zákonitostí chování ionizovatelných polymerních řetězců a pomocí známých dat o struktuře proteinů studovat strukturu zhrubených modelů proteinů, které obsahují aminokyseliny s ionizovatelnými postranními řetězci, s využitím metod molekulových simulací: molekulové dynamiky a Monte Carla.
Výhodou je chuť samostatně programovat/kódovat.
 
Charles University | Information system of Charles University | http://www.cuni.cz/UKEN-329.html