Thesis (Selection of subject)Thesis (Selection of subject)(version: 368)
Thesis details
   Login via CAS
Bonding and non-bonding interaction potentials for simulations of coarse-grained protein models
Thesis title in Czech: Vazebné a nevazebné interakční potenciály pro studium struktury proteinů pomocí zhrubených modelů
Thesis title in English: Bonding and non-bonding interaction potentials for simulations of coarse-grained protein models
Key words: protein, zhrubený model, interakční potenciály, silové pole, molekulové simulace
English key words: protein, coarse-grained model, interaction potentials, force field, molecular simulations
Academic year of topic announcement: 2022/2023
Thesis type: Bachelor's thesis
Thesis language: angličtina
Department: Department of Physical and Macromolecular Chemistry (31-260)
Supervisor: Ing. Lucie Nová, Ph.D.
Author: Bc. Markéta Pavlíková - assigned and confirmed by the Study Dept.
Date of registration: 20.10.2022
Date of assignment: 20.10.2022
Confirmed by Study dept. on: 27.01.2023
Date of electronic submission:09.08.2023
Date of proceeded defence: 18.09.2023
Opponents: Dr. Petra Bačová
 
 
 
Advisors: doc. RNDr. Filip Uhlík, Ph.D.
Preliminary scope of work
Struktura proteinů se určuje na několika úrovních. Rozlišujeme primární (sekvence aminokyselin), sekundární (jejich prostorové uspořádání) a terciární, příp. kvartérní strukturu (prostorové uspořádání i několika řetězcových jednotek). Funkce proteinu je dána především jeho sekundární a terciární strukturou.Tuto strukturu můžeme získat buď experimentálně nebo pomocí výpočetní chemie- modelování.
Náplní této práce je vývoj silového pole pro molekulové modelování struktury proteinů pomocí zhrubených (coarse-grained) modelů. Ve zhrubených modelech proteiny vypadají jako řetízky kuliček, kde jednotlivé kuličky představují různé aminokyseliny. Aby takový model poskytoval správné výsledky, je třeba správně nastavit parametry modelu- velikost jednotlivých kuliček a jejich vzájemné přitažlivé a odpudivé interakce. Takováto sada interakčních potenciálů se nazývá silové pole (force field).
Student/ka bude na základě zákonitostí chování polymerních řetězců a pomocí známých dat o struktuře proteinů vytvářet své vlastní silové pole skládající se z nevazebných a vazebných (úhlových a dihedrálních) potenciálů. Toto silové pole bude testovat pomocí molekulových simulací s využitím metod molekulové dynamiky a Monte Carla.
Výhodou je chuť samostatně programovat/kódovat.
 
Charles University | Information system of Charles University | http://www.cuni.cz/UKEN-329.html