Populačně genomická analýza adaptace v rodu Arabidopsis promocí nových sekvenačních metod

• Thesis title in Czech: Populačně genomická analýza adaptace v rodu Arabidopsis promocí nových sekvenačních metod
• Thesis title in English: Population genomic analysis of adaptation in wild Arabidopsis
• Academic year of topic announcement: 2021/2022
• Thesis type: Bachelor's thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Botany (31-120)
• Supervisor: RNDr. Filip Kolář, Ph.D.

Preliminary scope of work

Adaptace je jedním ze základních procesů, kterým se organizmy přizpůsobují rychle se měnícímu prostředí. Rychlýpokrok v nových sekvenačních metodáchotevřel zcela nové směry výzkumu genetické podstaty adaptace, který má široké uplatnění v ochraně přírody nebo šlechtění nových plodin. Rostliny jsou obzvláště vhodnými modely, protože výsledky z přírodních populacíje možné dáletestovat pomocí cílených kultivačních exeprimenrtů.
Cílem práce bude shrnout metody a poznatky umožňující odhalit genetickou podstatu adaptace klíčového rostlinného modelu Arabidopsis k výzvám prostředí. Arabidopsis arenosa, běžný obyvatel evropských skal a stepí, je obzvláště vhodný s ohledem na vysokou genetickou, ekologickou i morfologickou diverzitu i blízkost ke geneticky dobře prozkoumanému A. thaliana. Naše výzkumná skupina (https://botany.natur.cuni.cz/ecolgen/) shromáždila bezprecedentní dataset ~1000 sekvencí genomů z přírodních populací Arabidopsis a několik desítek genome assemblies, které mohou využity k případné navazující magisterské práci.
Během řešení práce získá uchazeč zkušenosti s různými typy state-of-the art analýzou genetické variabilitynapříč celým genomem, novými populačně genomickými a statistickými přístupy. Tyto zkušenosti budou využitelné nejen pro základní výzkumPopulačně genomická analýza adaptace v rodu Arabidopsis promocí nových sekvenačních metod, ale např. i v biotechnologických nebo medicínských aplikacích.