Thesis (Selection of subject)Thesis (Selection of subject)(version: 368)
Thesis details
   Login via CAS
Počítačové simulace struktury proteinů pomocí zhrubených modelů
Thesis title in Czech: Počítačové simulace struktury proteinů pomocí zhrubených modelů
Thesis title in English: Computer simulations of protein structures using coarse-grained models
Key words: simulace, struktura proteinu, zhrubený model, molekulová dynamika, Monte Carlo
English key words: simulation, protein structure, coarse-grained model, Molecular Dynamics, Monte Carlo
Academic year of topic announcement: 2021/2022
Thesis type: Bachelor's thesis
Thesis language: čeština
Department: Department of Cell Biology (31-151)
Supervisor: Ing. Lucie Nová, Ph.D.
Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
Date of registration: 15.11.2021
Date of assignment: 18.11.2021
Confirmed by Study dept. on: 18.11.2021
Date of electronic submission:04.01.2023
Date of proceeded defence: 07.02.2023
Opponents: doc. Ing. Zuzana Limpouchová, CSc.
 
 
 
Preliminary scope of work
Struktura proteinů se určuje na několika úrovních. Rozlišujeme primární (sekvence aminokyselin), sekundární (jejich prostorové uspořádání) a terciární, příp. kvartérní strukturu (prostorové uspořádání i několika řetězcových jednotek). Funkce proteinu je dána především jeho sekundární a terciární strukturou.Tuto strukturu můžeme získat buď experimentálně nebo pomocí výpočetní chemie- modelování.
Náplní této práce je vývoj zhrubených (coarse-grained) modelů proteinu pro počítačové modelování jejich sekundární struktury. Ve zhrubených modelech proteiny vypadají jako řetízky kuliček, kde jednotlivé kuličky představují různé aminokyseliny. Aby takový model poskytoval správné výsledky, je třeba správně nastavit parametry modelu- velikost jednotlivých kuliček a jejich vzájemné přitažlivé a odpudivé interakce.
Student/ka bude na základě zákonitostí chování polymerních řetězců a pomocí známých dat o struktuře proteinů vytvářet svůj vlastní zhrubený model proteinu. Tento model bude testovat pomocí simulací s využitím metod molekulové dynamiky a Monte Carla.
Výhodou je chuť samostatně programovat/kódovat.
 
Charles University | Information system of Charles University | http://www.cuni.cz/UKEN-329.html