Combination of biochemical and high-throughput-sequencing approaches to study the role of Antinobacteria and fungi in the decomposition of plant biomass

• Thesis title in Czech: Studium úlohy Antibakterií a hub účastnícch se degradace rostlinné biomasy kombinací biochemických a moderních sekvenčních metod
• Thesis title in English: Combination of biochemical and high-throughput-sequencing approaches to study the role of Antinobacteria and fungi in the decomposition of plant biomass
• Key words: ekologie mikroorganismů, dekompozice, lesní půda
• English key words: microbial ecology, decomposition, forest soil
• Academic year of topic announcement: 2009/2010
• Thesis type: dissertation
• Thesis language: angličtina
• Department: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Supervisor: prof. RNDr. Petr Baldrian, Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor
• Date of registration: 08.03.2010
• Date of assignment: 08.03.2010
• Date and time of defence: 08.03.2016 13:00
• Date of electronic submission: 16.12.2015
• Date of proceeded defence: 08.03.2016
• Opponents: Mgr. Martina Slaninová Kyselková, Ph.D.

Preliminary scope of work

Pro degradaci odumřelé rostlinné biomasy v ekosystémech je rozhodující aktivita saprotrofních hub a bakterií, zejména zístupců aktinomycet. Zatímco degradační schopnosti hub a jejich výskyt na rostlinném opadu a dřevě jsou dostatečně známy, podíl aktinomycet je obtížné odhadnout. Aktinomycety náleží k jedné z nemnoha bakteriálních skupin, které jsou schopny modifikovat či rozkládat lignin. O jejich degradačních schopnostech a enzymovém aparátu, který pro rozklad používají však není rovněž mnoho známo a rovněž informace o druzích asociovaných s odumřelou rostlinnou biomasou jsou omezené. Cílem práce je (1) charakterizovat společenstvo hub a aktinomycet, asociovaných s rozkládající se rostlinnou biomasou, (2) isolovat zástupce aktinomycet z odumřelé rostlinné biomasy a pokusit se objasnit způsob rozkladu rostlinné hmoty u vybraného izolátu. Práce bude kombinovat přístupy molekulární biologie (identifikace kmenů a mikrobních společenstev, detekce funkčních genů, kvantifikace biomasy jednotlivých skupin), mikrobiologie a biochemie (charakterizace rozkladného systému). Studovanými modelovými látkami budou lesní opad, dřevo a agrární rezidua po sklizni.