Studium nukleových kyselin a jejich interakcí pomocí Ramanovy mikrospektroskopie kapkově nanášených povlaků (DCDR)
| Thesis title in Czech: | Studium nukleových kyselin a jejich interakcí pomocí Ramanovy mikrospektroskopie kapkově nanášených povlaků (DCDR) |
|---|---|
| Thesis title in English: | Study of nucleic acids by means of drop coating deposition Raman microspectroscopy (DCDR) |
| Academic year of topic announcement: | 2010/2011 |
| Thesis type: | Bachelor's thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Institute of Physics of Charles University (32-FUUK) |
| Supervisor: | RNDr. Vladimír Kopecký, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 09.11.2010 |
| Date of assignment: | 09.11.2010 |
| Date and time of defence: | 13.09.2011 00:00 |
| Date of electronic submission: | 15.08.2011 |
| Date of submission of printed version: | 15.08.2011 |
| Date of proceeded defence: | 13.09.2011 |
| Opponents: | doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc. |
| Advisors: | prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc. |
| Guidelines |
| 1. Seznámit se s principy Ramanovy mikroskopie a Ramanovy spektroskopie kapkově nanášených povlaků (drop coating deposition Raman spectroscopy - DCDR).
2. Vypracovat rešerši na téma studium biomolekul pomocí DCDR a provést základní souhrn znalostí ohledně užití Ramanovy spektroskopie při studiu nukleových kyselin. 3. Prakticky zvládnout měření na Ramanově mikrospektrometru. 4. Nalézt podmínky vhodné pro měření a následně změřit DCDR spektra vybrané série oligonukleotidů. 5. Provést analýzu dat se zaměřením na reprodukovatelnost DCDR měření a praktickou použitelnost DCDR měření při studiu nukleových kyselin a jejich interakcí. |
| References |
| M. F. Mrozek, D. Zhang, D. Ben-Amotz: Oligosaccharide identification and mixtue quantification using Raman spectroscopy and chemometric analysis. Carbohydrate Research 339 (2004) 141-145.
W. Saenger: Principles of nucleic acid structure. Springer, Berlin 1988. D. Zhang, Y. Xie, M. F. Mrozek, C. Ortiz, V. J. Davisson, D. Ben-Amotz: Raman detection of proteomic analytes. Analytical Chemistry 75 (2003) 5703-5709. |
| Preliminary scope of work |
| Ramanova spektroskopie kapkově nanášených povlaků (drop coating deposition Raman spectroscopy - DCDR) je novou, pouze několik let starou techniku měření biomolekul, jež je založena na interakci molekul a speciálně k tomu připraveného hydrofobního povrchu. Měření tak lze provádět za až o dva řády nižších koncentrací biomolekul než je tomu obvyklé u standardní Ramanovy spektroskopie. Náplní bakalářské práce by mělo být otestování použitelnosti DCDR techniky pro měření vzorků nukleových kyselin, které doposud nebyly touto technikou studovány. Měření budou prováděna na novém Ramanově mikrospektrometru LabRam HR800 (Horiba Jobin Yvon), tj. na Ramanově spektrometru kombinovaném s mikroskopem. |