Soužití s hostitelem vytváří unikátní ekologickou niku, ve které je biosyntetický potenciál streptomycet modulován koevolucí s hostitelským organismem. Cílem práce je charakterizovat a porovnat spektrum produkovaných bioaktivních látek u modelových kolekcí komenzálních streptomycet ze Sbírky aktinomycet Biologického centra AVČR. Modelové interakce zahrnují kmeny asociované zejména s dolními dýchacími cestami člověka, dále kolekci streptomycet izolovaných z různých modelů bezobratlých živočichů (stejnonožci, tropické mnohonožky, tropičtí lýkožrouti apod.), a též kmeny asociované s různými typy rostlin. Kromě charakterizace spektra produkovaných aktivit a metabolomické analýzy komenzálních kmenů, příp. v korelaci s genomickými daty, bude práce cílit též na identifikaci nových látek s potenciálem využití v medicíně, a to zejména na metabolity s aktivitou antimykotickou, případně antimykobakteriální, s nízkou cytotoxicitou. Náplň práce je vysoce interdisciplinární a předpokládá využití technik mikrobiologických, molekulárně genetických, bioinformatických a metod analytické chemie s přesahem též do základních farmakologických postupů při stanovení cytotoxicity.
Preliminary scope of work in English
Coexistence with the host creates a unique ecological niche in which the biosynthetic potential of streptomycetes is modulated by coevolution with the host organism. The aim of this work is to characterize and compare the spectrum of bioactive compounds produced by model collections of commensal streptomycetes from the Actinobacteria Culture Collection of the Biology Centre of the Czech Academy of Sciences. The model interactions include strains predominantly associated with the human lower respiratory tract, a collection of streptomycetes isolated from various invertebrate models (such as isopods, tropical millipedes, tropical bark beetles, etc.), and strains associated with various plant types. In addition to characterizing the spectrum of bioactive activities and performing metabolomic analyses of commensal strains, potentially in correlation with genomic data, the work will also aim to identify novel compounds with potential medical applications. Particular focus will be placed on metabolites with antifungal or antimycobacterial activity and low cytotoxicity. This project is highly interdisciplinary and will involve microbiological, molecular genetic, bioinformatic, and analytical chemistry techniques, extending also to basic pharmacological methods for assessing cytotoxicity.
