Markers for personalised treatment of patients with virally induced malignancies

• Thesis title in Czech: Markery pro personalizovanou léčbu pacientů s virově indukovanými malignitami
• Thesis title in English: Markers for personalised treatment of patients with virally induced malignancies
• Key words: biomarkery, HPV, nádor, virus, léčba
• English key words: biomarkers, HPV, tumour, virus, treatment
• Academic year of topic announcement: 2025/2026
• Thesis type: dissertation
• Thesis language: angličtina
• Department: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Supervisor: doc. RNDr. Ruth Tachezy, Ph.D.

Preliminary scope of work

Význam personalizovaného přístupu k léčbě pacientů s onkologickými onemocněními v posledních dekádách roste. Vzrůstá důrazem na kvalitu života pacientů, na snížení toxicity léčby. Deeskalace, modifikace léčebných postupů vyžaduje citlivé, klinicky dostupné prediktivní markery, které by bylo možné použít při individualizaci léčby. Tekutá biopsie se ukázala jako klinicky využitelný nástroj při detekci diagnostických, prediktivních a prognostických biomarkerů u několika druhů nádorů, včetně těch, které jsou virově indukované. Cirkulující nádorová DNA (ctDNA), se zdá být perspektivním markerem u několika onemocnění. Zavedení těchto markerů do rutinní léčebné péče ale vyžaduje precizní standardizaci. Ta je, vzhledem ke komlexitě přístupů, velmi náročná. Jedná se např. o stanovení citlivost těchto markerů v různých typech klinického materiálu, o citlivost při použití různých metod detekce, sestavení optimálních panelů markerů umožňující zachycení rizikových mutací pro potlačení jejichž efektu existuje stále rozrůstající se spektrum terapeutik pro cílenou léčbu.

Projekt bude zahrnovat práci s buněčnými kulturami a klinickými vzorky pacientů. Nejčastěji využívané metody budou zahrnovat izolaci nukleových kyselin a případně proteinů z buněk a různých typů klinického materiálu. Následující analýzy budou zahrnovat PCR, qPCR, RT-qPCR, NGS, imunobloting a další přístupy, které se v průběhu projektu ukáží jako potřebné pro dosažení optimální výpovědní hodnoty testovaných přístupů. Samozřejmostí je statistické a bioinformatické zpracování získaných dat, jak laboratorních, tak i klinických. Cíleno je na nádory různé etiologie ve stejné anatomické lokalizaci.

Preliminary scope of work in English

The importance of a personalized approach to the treatment of patients with cancer has been growing in recent decades. There is an increasing emphasis on the quality of life of patients, to reduce the toxicity of treatment. De-escalation, and modification of therapies require sensitive, clinically available predictive markers that could be used in individualizing treatment. Liquid biopsy has emerged as a clinically useful tool in the detection of diagnostic, predictive and prognostic biomarkers in several types of cancer, including those that are virally induced. Circulating tumour DNA (ctDNA) appears to be a promising marker in several diseases. However, the introduction of these markers into routine medical care requires precise standardization. This is very challenging given the complexity of approaches. This involves, for example, determining the sensitivity of these markers in different types of clinical material, the sensitivity when using different detection methods, and the construction of optimal marker panels to allow the capture of risk mutations for suppression of which there is an ever-expanding spectrum of therapeutics for targeted treatment.

The project will involve work with cell cultures and clinical patient samples. The most commonly used methods will involve the isolation of nucleic acids and possibly proteins from cells and various types of clinical material. Subsequent analyses will include PCR, qPCR, RT-qPCR, NGS, immunoblotting and other approaches that will prove necessary during the project to achieve optimal significance of the tested approaches. Of course, statistical and bioinformatic processing of the obtained data, both laboratory and clinical, will be a matter. Tumours of different aetiologies in the same anatomical localisation are targeted.