Variabilita velikosti genomu a obsahu GC bází jako klíč k pochopení evoluce tribu Triticeae

• Thesis title in Czech: Variabilita velikosti genomu a obsahu GC bází jako klíč k pochopení evoluce tribu Triticeae
• Thesis title in English: Variation in genome size and GC base content as a key to understanding the evolution of the tribe Triticeae
• Academic year of topic announcement: 2024/2025
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Botany (31-120)
• Supervisor: Mgr. Tomáš Urfus, Ph.D.
• Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 27.11.2024
• Date of assignment: 27.11.2024
• Confirmed by Study dept. on: 26.01.2025
• Study form: full-time
• Advisors: Ing. Václav Mahelka, Ph.D.

Preliminary scope of work

S ohledem na hospodářský význam některých zástupců náleží tribus Triticeae k nejintenzivněji zkoumaným skupinám rostlin. Pro dynamickou evoluci většiny zástupců tribu má zásadní význam alopolyploidní speciace, nicméně zde byla zaznamenána i autopolyploidie. Četné fylogeneze tribu naznačují, že se jednotlivé clady s ohledem na evoluční mechanismy a strategie mohou lišit (např. převaha alo- vs. autopolyploidie, alo-vs autogamie vs. apomixie, jednoletky vs. vytrvalé rostliny). Cílem diplomové práce bude zjištění absolutní velikosti genomu a obsahu GC bází u reprezentativního souboru zástupců tribu. Získané hodnoty budou posléze vztaženy k fylogenezi, ploidii, reprodukčním a životním formám rostlin. Nezanedbatelnou výhodou je, že hodnoty obsahu GC bází mohou být kalibrovány díky většímu množství známých anotovaných genomů. Zdrojem materiálu budou především genofondy (zejm. VURV a IPK), které pokrývají naprostou většinu zástupců tribu.
Cílem diplomové práce bude odpovědět na následující otázky:
1. Do jaké míry je korelována absolutní velikost genomu a obsah GC bází v tribu Triticeae?
2. Mají hodnoty absolutní velikosti genomu návaznost na fylogenezi a další charakteristiky zástupců (polyploidie, reprodukční způsob, životní forma atd.)?