Role jaderných domén 10 (ND10) při infekci polyomaviry

• Thesis title in Czech: Role jaderných domén 10 (ND10) při infekci polyomaviry
• Thesis title in English: Role of nuclear domains 10 (ND10) in polyomavirus infection
• Key words: ND10; PML; Polyomavirus; Vrozená imunita
• English key words: ND10; PML; Polyomavirus; Innate immune system
• Academic year of topic announcement: 2024/2025
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Supervisor: Boris Rjabčenko, Ph.D.
• Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 27.11.2024
• Date of assignment: 27.11.2024
• Confirmed by Study dept. on: 03.12.2024

Preliminary scope of work

ND10 jsou bezmembránová multiproteinová tělíska, která jsou přítomna v jádrech téměř všech typů savčích buněk. Je známo, že ND10 se nacházejí v blízkosti replikačních center (VRC) mnoha DNA virů a jsou důležitými faktory protivirové obrany. Působí buď jako přímé restrikční faktory (inhibice virové transkripce, sekvestrace virových komponent, modifikace chromatinizovaných virových genomů) nebo prostřednictvím regulace vrozené imunitní odpovědi. Hlavní strukturní protein ND10 - protein PML - existuje v několika izoformách, které se liší svým interaktomem, a tedy i funkčně.
Diplomová práce bude zaměřena na studium role jednotlivých izoforem myšího proteinu PML v regulaci interferonové odpovědi typu I během virové infekce. Jako modelový virus pro studium bude použit myší polyomavirus (MPyV). Součástí práce bude také vývoj metody pro vizualizaci VRC MPyV v živých buňkách. K tomuto účelu bude přizpůsoben systém CRISPR-Cas9, případně budou použity fluorescenčně značené proteiny asociované s VRC.

Preliminary scope of work in English

ND10 are membraneless multiprotein bodies located in the nuclei of almost all types of mammalian cells. ND10 are known to be located near replication centers (VRCs) of many DNA viruses and are important factors in antiviral defense. They act either as direct restriction factors inhibiting viral transcription, sequestering viral components, modifying chromatinised viral genomes or through regulation of the innate immune response. The main structural protein of ND10 – the PML protein – exists in several isoforms that differ in their interactome and, thus, also functionally.
The diploma thesis will be focused on the study of the role of individual isoforms of the mouse PML protein in the regulation of the type I interferon response during viral infection. Mouse polyomavirus (MPyV) will be used as a model virus for study. The work will also include the development of a method for the visualization of VRCs of MPyV in living cells. For this, the CRISPR-Cas9 system will be adapted or, alternatively, fluorescently labeled VRC-associated proteins will be used.