Hydrogenosomy jsou v principu mitochondrie adaptované pro funkci za anaerobních podmínek. Mezimembránový prostor hydrogenosomů je zcela neznámá oblast výzkumu. V tomto prostoru dochází ke třídění proteinů, které prostoupí transokázou vnější membrány TOM do dalších destinací: vnejší membrány, vnitřní membrány, mezimembránoveho prostoru a matrix organely. Které proteinu a jak fungují v mezimembránovém prostoru není známo, i kdyz jde o klíčovou funkci v biogenezi hydrogenosomů, stejně jako mitochondrií.
