Dlouhodobé sledování dynamiky a variability anellovirů u imunosuprimovaných pacientů

• Thesis title in Czech: Dlouhodobé sledování dynamiky a variability anellovirů u imunosuprimovaných pacientů
• Thesis title in English: Long-term monitoring of anellovirus dynamics and variability in immunosuppressed patients
• Key words: Anelloviry,variabilita, sekvenování, qPCR
• English key words: Anelloviruses, variability, sequencing, qPCR
• Academic year of topic announcement: 2024/2025
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Supervisor: RNDr. Martina Saláková, Ph.D.
• Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 31.10.2024
• Date of assignment: 05.11.2024
• Confirmed by Study dept. on: 03.12.2024
• Advisors: RNDr. Dominika Kadlečková, Ph.D.

Preliminary scope of work

Anelloviry jsou hlavní eukaryotickou složkou lidského viromu, kterou lze detekovat v krvi a v dalších tělních tekutinách a tkáních většiny jedinců. První zástupce anellovirů byl objeven v roce 1997 u pacienta s hepatitidou nejasného původu. Dosud však nebylo potvrzeno žádné onemocnění související s infekcí těmito viry. Většina zdravých jedinců je infikována více typy anellovirů, které tvoří jedinečný „anellom“ daného jedince, tj variabilní soubor různých typů/variant jednotlivých zástupců anellovirů.
Cílem této práce bude dlouhodobé sledování variability anellomu u imunosuprimovaných pacientů pomocí masivního paralelního sekvenování. Sledování bude dále zaměřené na změny virové nálože jednotlivých typů anellovirů metodou qPCR. Bude tak možné určit, jak dlouho jednotlivé typy anellovirů v těle přetrvávají. Tyto výsledky by mohly odpovědět na otázku, jaké mechanismy přispívají k rozmanitosti anellovirů v lidském těle, a korelací s podrobnými klinickými záznamy, jakou cestou dochází k infekci novými typy, protože ani tato otázka není dosud zcela objasněna.

Preliminary scope of work in English

Anelloviruses are the major eukaryotic component of the human virome and can be detected in the blood and other body fluids and tissues of most individuals. The first representative of anelloviruses was discovered in 1997 in patient with hepatitis of unknown origin. However, to date, there is no confirmed disease related to infection with these viruses. Most healthy individuals are infected with multiple types of anelloviruses, which form an individual's unique 'anellome' of given individual, i.e. a variable set of different types/variants of each anellovirus representative.
The aim of this thesis will be to monitor the anellome variability in immunosuppressed patients over a long-term using massive parallel sequencing. The monitoring will be focused on the changes in viral load of each anellovirus type by qPCR. It will be possible to determine how long each anellovirus type persists in the body. These results could answer the question of what mechanisms contribute to the diversity of anelloviruses in the human body and, by correlating with detailed clinical records, the pathway by which new types are infected, as this question is also not yet fully understood.