Assessing prokaryotic diversity in protist cultures
| Thesis title in Czech: | Zhodnocení prokaryotické diverzity v kulturách protist |
|---|---|
| Thesis title in English: | Assessing prokaryotic diversity in protist cultures |
| Academic year of topic announcement: | 2023/2024 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | angličtina |
| Department: | Department of Zoology (31-170) |
| Supervisor: | Mgr. Tomáš Pánek, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 27.10.2023 |
| Date of assignment: | 27.10.2023 |
| Confirmed by Study dept. on: | 25.01.2024 |
| Advisors: | Seda Mirzoyan, M.Sc. |
| Preliminary scope of work |
| Hlavním cílem navrhované práce je zhodnotit prokaryotickou diverzitu v metagenomech vybraných monoeukaryotických kultur uchovávaných v naší laboratoři. Mikrobiální komunita přítomná v těchto kulturách byla koizolována z přírodního vzorku spolu s daným eukaryotem. Student použije metagenomická data pro hledání metabolických interaktantů nebo hlubokých prokaryotických linií v těchto kulturách přítomných. Specifické cíle práce: - analyzovat diverzitu a početnost prokaryot ve vybraných metagenomech s použitím různých přístupů a na různé taxonomické úrovni (některé metagenomy již byly sekvenovány, alespoň jeden bude sekvenován studentem během řešení práce a s použitím Oxford Nanopore technologie) -identifikovat prokaryota, která mohou být metabolickým partnerem s daným eukaryotem - identifikovat nové prokaryotické linie - provést fylogenomickou analýzu vybraných prokaryotických linií - anotovat genom vybraného prokaryota (vybraných prokaryot) |
| Preliminary scope of work in English |
| The main goal of proposed thesis is to assess prokaryotic diversity in metagenomes from selected monoeukaryotic cultures maintaned in our laboratory. Their microbial community has been co-isolated from a natural environment together with the eukaryote. Student will use metagenomic data to search for metabolic interactants or deep-branching prokaryotic lineages present in these cultures. Specific aims of the thesis: - to analyze prokaryotic diversity and abundance in selected metagenomes using various approaches at various taxonomic levels (some metagenomes have been already sequenced, at least one metagenome will be sequenced by the student using Oxford nanopore technology) - to identify prokaryotes that possibly act as metabolic partners with eukaryote(s) in these cultures - to identify novel prokaryotic lineages - to perform phylogenomic analysis of selected prokaryotic lineages - to annotate genome of selected prokaryotes |