Sledování cirkulující volné HPV DNA (cfHPV DNA) u pacientů s dlaždicobuněčným karcinomem orofaryngu

• Thesis title in Czech: Sledování cirkulující volné HPV DNA (cfHPV DNA) u pacientů s dlaždicobuněčným karcinomem orofaryngu
• Thesis title in English: Monitoring of cell-free HPV DNA (cfHPV DNA) in patients with oropharyngeal squamous cell carcinoma.
• Key words: HPV, cfHPV DNA, ddPCR, dlaždicobuněčný karcinom orofaryngu
• English key words: HPV, cfHPV DNA, ddPCR, oropharyngeal squamous cell carcinoma
• Academic year of topic announcement: 2023/2024
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Supervisor: RNDr. Martina Saláková, Ph.D.
• Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 19.10.2023
• Date of assignment: 15.11.2023
• Confirmed by Study dept. on: 17.01.2024
• Advisors: RNDr. Zuzana Vojtěchová, Ph.D.

Preliminary scope of work

Tekutá biopsie se ukázala jako klinicky využitelný diagnostický, prediktivní a prognostický biomarker u celé řady nádorových onemocnění. DNA lidského papilomaviru (HPV), volně cirkulující v krvi, je detekovatelná u pacientů s dlaždicobuněčným karcinomem orofaryngu (OPSCC) asociovaným s infekcí HPV a má tak potenciál stát se důležitým klinickým nástrojem při rozhodování o léčbě pacienta a jeho dalším sledování.
Hlavní náplní této diplomové práce bude optimalizace izolace cfHPV DNA z biologického materiálu a optimalizace metody kapkové digitální PCR (ddPCR) za účelem detekce cfHPV DNA v plazmě pacientů s HPV pozitivním/p16 pozitivním (HPV+/p16+) OPSCC a stanovení dynamiky cfHPV DNA při sledování pacienta. Výsledky detekce a kvantifikace cfHPV DNA u pacientů budou porovnány s klinickými parametry pacienta, odpovědí na léčbu a predikcí recidivy onemocnění.

Preliminary scope of work in English

Liquid biopsy has emerged as a clinically useful diagnostic, predictive and prognostic biomarker for a wide range of cancers. Human papillomavirus (HPV) DNA, circulating in the blood, is detectable in patients with oropharyngeal squamous cell carcinoma (OPSCC) associated with HPV infection and thus has the potential to become an important clinical tool in patients' treatment and follow-up.
The main focus of this thesis will be on optimization of the extraction of cfHPV DNA from biological material and the optimization of the digital droplet PCR (ddPCR) method for the detection cfHPV DNA in the plasma of patients with HPV positive/p16 positive (HPV+/p16+) OPSCC. The dynamic of cfHPV DNA during patient follow-up will be evaluated. The results of cfHPV DNA detection and quantification in plasma of OPSCC patients will be compared with patient clinical parameters, response to treatment and of frequency and timing of disease recurrence.