 | Ve čtvrtek dne 4. září 2025 v době od 20:00 do 22:00 dojde k odstávce webového prostředí a databáze systému WhoIs. Odstávka systému WhoIs se dotkne též systému IS Studium. Kromě omezení funkcionality související s napojením na WhoIs nebude ve většině případů možné odevzdávání závěrečných prací. Omlouváme se za komplikace a děkujeme všem, kterých se odstávka jakkoliv dotkne, za pochopení. |
Anaerobic fungi - cellular adaptations for environment without oxygen and anaerobic peroxisomes
| Thesis title in Czech: | Anaerobní houby - buněčné adaptace k prostředí bez kyslíku a anaerobní peroxisomy |
|---|---|
| Thesis title in English: | Anaerobic fungi - cellular adaptations for environment without oxygen and anaerobic peroxisomes |
| Key words: | Anaerobióza, houby, buněčné organely, peroxisomy, mitochondrie, hydrogenosomy, buněčná biologie, mikrobiologie, parazitologie, mikroskopie |
| English key words: | Anaerobiosis, fungi, peroxisomes, mitochondria, hydrogenosome, cell biology, microbiology, parasitology, microscopy |
| Academic year of topic announcement: | 2023/2024 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | angličtina |
| Department: | Department of Parasitology (31-161) |
| Supervisor: | prof. RNDr. Jan Tachezy, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 12.10.2023 |
| Date of assignment: | 25.10.2023 |
| Confirmed by Study dept. on: | 03.01.2024 |
| Date of electronic submission: | 08.08.2025 |
| Opponents: | Mgr. Vojtěch Žárský, Ph.D. |
| Advisors: | doc. RNDr. Ivan Hrdý, Ph.D. |
| Preliminary scope of work |
| Anaerobní houby jsou důležitou složkou mikrobiomů žijících v trávicím traktu býložravců, které umožňují rozklad polysacharidy jako je celulóza na využitelné sacharidové monomery. Aby mohli žít ve striktně anaerobních podmínkách bachoru, jejich buněčné funkce jsou významně modifikovaném zejména co se týče funkce mitochondrií. Dle našich analýz rovněž obsahují anaerobní typ peroxisomů, které jsme nečekaně objevili i u dalších anaerobních organismů. Proč je to nečekané? Peroxisomy jsou specializované pro odstraňování toxických produktů kyslíku a není jasné jaká je jejich funkce v prostředí bez kyslíku. Co se během práce student naučí a bude studovat: 1. kultivace anaerobních hub v axenické kultuře in vitro za striktně anaerobních podmínek, 2. klonování genů pro peroxisomální proteiny anaerobních hub do vektorů pro expresi v Sacharomyces cerevisiae, což umožní experimentální ověření buněčné lokalizace (peroxisomy) vytipovaných proteinů v heterologním systému 3. příprava rekombinantních peroxisomálních proteinů a specifických protilátek pro studium buněčné lokalizace v buňkách hub pomocí imunofluorescenční mikroskopie. 3. Identifikace peroxisomů v buňkách anaerobních hub pomocí transmisní elektronové mikroskopie 4. Buněčná frakcionace a charakterizace frakce obohacené na peroxisomy. Práce je vhodná pro studenty se zájmem o buněčnou biologii, molekulární biologii, mikrobiologii a parazitologii. |
| Preliminary scope of work in English |
| Anaerobic fungi are an important component of microbiomes living in the digestive tract of herbivores, which enable the breakdown of polysaccharides such as cellulose into usable carbohydrate monomers. To be able to live in the strictly anaerobic conditions of the rumen, their cellular functions are significantly modified, especially with regard to the function of mitochondria. According to our analyses, they also contain an anaerobic type of peroxisomes, which we unexpectedly discovered in other anaerobic organisms. Why is this unexpected? Peroxisomes are specialized for removing toxic oxygen products, and it is not clear what their function is in an oxygen-free environment. What the student will learn and study during the work: 1. cultivation of anaerobic fungi in axenic culture in vitro under strictly anaerobic conditions, 2. cloning of genes for peroxisomal proteins of anaerobic fungi into vectors for expression in Saccharomyces cerevisiae, which will enable experimental verification of the cellular localization (peroxisomes) of selected proteins in a heterologous system 3. preparation of recombinant peroxisomal proteins and specific antibodies for the study of cellular localization in fungal cells using immunofluorescence microscopy. 3. Identification of peroxisomes in anaerobic fungal cells using transmission electron microscopy 4. Cell fractionation and characterization of the fraction enriched in peroxisomes. The thesis is suitable for students interested in cell biology, molecular biology, microbiology, and parasitology. |