Studium odpovědi vrozené buněčné imunity na replikaci BK polyomaviru

• Thesis title in Czech: Studium odpovědi vrozené buněčné imunity na replikaci BK polyomaviru
• Thesis title in English: Study of cellular innate immune response to BK polyomavirus replication
• Key words: Polyomaviry, BK polyomavirus, LT antigen, vrozená imunita, STING, IFN-β, protein PML, PML NBs
• English key words: Polyomaviruses, BK polyomavirus, LT antigen, innate immunity, STING, IFN-β, PML protein, PML NBs
• Academic year of topic announcement: 2022/2023
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Supervisor: Boris Rjabčenko, Ph.D.
• Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 31.10.2022
• Date of assignment: 04.11.2022
• Confirmed by Study dept. on: 27.01.2023
• Date of electronic submission: 08.08.2024
• Date of proceeded defence: 11.09.2024
• Opponents: RNDr. Šárka Němečková, DrSc.

Preliminary scope of work

Stále není jasné, jakým způsobem vrozená buněčná imunita reaguje na vstupující BK polyomavirus. Aktivace drah vrozené imunity závisí, mimo jiné, na buněčném typu. V RPTEC (renal proximal tubul epithelial cells) buňkách, často používaných pro pomnožení BK polyomaviru, nedochází na rozdíl od mikrovaskulárních endoteliálních buněk k aktivaci interferonové (IFN) dráhy. BK polyomavirus má schopnost unikat před vrozenou imunitou například využíváním virového proteinu – agnoproteinu, a narušováním MAVS dráhy.
Cílem této diplomové práce bude studium interakcí BK polyomaviru s komponentami vrozené imunity při infekci RPTEC a mikro vaskulárních endoteliálních buněk. Bude připravena deficitní replikační mutanta a agnoproteinová mutanta BK polyomaviru a tyto virové mutanty budou dále využity pro studium vlivu těchto mutací na aktivaci interferonové a/nebo cytokinové odpovědi. V buňkách infikovaných mutantními viry bude metodami qPCR a imunodetekce analyzována exprese interferonových, interferonem stimulovaných a prozánětlivých genů (IFNβ, ISG15, IL-6). Metodou imunofluorescence bude s využitím konfokální mikroskopie analyzována vzájemná buněčná lokalizace virových struktur a komponent vrozené imunity a zjišťován případný vliv mutací na jejich distribuci.