Burki F, Sandin MM, Jamy M. Diversity and ecology of protists revealed by metabarcoding. Curr Biol. 2021 Oct 11;31(19):R1267-R1280. doi: 10.1016/j.cub.2021.07.066. PMID: 34637739. Berney C, Ciuprina A, Bender S, Brodie J, Edgcomb V, Kim E, Rajan J, Parfrey LW, Adl S, Audic S, Bass D, Caron DA, Cochrane G, Czech L, Dunthorn M, Geisen S, Glöckner FO, Mahé F, Quast C, Kaye JZ, Simpson AGB, Stamatakis A, Del Campo J, Yilmaz P, de Vargas C. UniEuk: Time to Speak a Common Language in Protistology! J Eukaryot Microbiol. 2017 May;64(3):407-411. doi: 10.1111/jeu.12414. Epub 2017 Apr 21. PMID: 28337822; PMCID: PMC5435949.
Preliminary scope of work
Mikrobiální složení střev člověka je doposud studováno velmi nerovnoměrně. Zatímco u prokaryotická složka je celkem rutinně mapována metodami metabarcodingu, složení střevních eukaryot známe především z analýz zaměřených na úzké skupiny. Na vině je sekvenční odlišnost markerů používaných pro metabarcoding (např. 18S rRNA) u střevních protist (améb, metamonád…), které tak unikají detekci. Pracujeme na přípravě sady primerů pro střevní protista, která by tuto situaci mohla napravit. Cílem práce bude testování a další optimalizace těchto primerů pro lidská střevní protista. Následně, ve spolupráci s JU univerzitou a Libereckou nemocnicí, testovat tyto primery na vzorcích z lidských stolic nebo střevního obsahu. Cílem je dosáhnout co nejširšího a nejvěrnějšího záchytu střevních eukaryot člověka a připravit panel primerů pro rutinní užití.
Preliminary scope of work in English
The microbial composition of the human gut has been studied very unevenly so far. While the prokaryotic component is quite routinely mapped by metabarcoding methods, the composition of intestinal eukaryotes is known mainly from analyses focused on narrow groups. Sequence divergence of markers used for metabarcoding (e.g. 18S rRNA) in intestinal protists (amoebae, metamonads...) is to blame and thus escapes detection. We are working on a set of primers for intestinal protists that could remedy this situation. The aim of this work will be to test and further optimize these primers for human intestinal protists. Subsequently, in collaboration with JU University and Liberec Hospital, test these primers on samples from human stool or intestinal contents. The goal is to achieve the broadest and most faithful capture of human intestinal eukaryotes and to prepare a panel of primers for routine use.
