Mikrobiální složení střev obratlovců je doposud studováno velmi nerovnoměrně. Zatímco u prokaryotická složka je celkem rutinně mapována metodami metabarcodingu, složení střevních eukaryot známe především z morfologických studií nebo molekulárních analýz zaměřených na úzké skupiny. Na vině je sekvenční odlišnost markerů používaných pro metabarcoding (např. 18S rRNA) u střevních protist (améb, metamonád…), které tak unikají detekci. Pracujeme na přípravě sady primerů pro střevní protista, která by tuto situaci mohla napravit. Cílem práce bude testování a další optimalizace těchto primerů pro střevní protista morčete, činčily a jiných hlodavců a následný metabarcoding eukaryotického mikrobiomu jednoho vybraného druhu. Zkušenosti se zvířecím modelem budou následně uplatněny při metabarcodingu střevních eukaryot u lidských klinických vzorků.
Preliminary scope of work in English
The microbial composition of the vertebrate gut has so far been studied very unevenly. While the prokaryotic component is quite routinely mapped by metabarcoding methods, the composition of gut eukaryotes is known mainly from morphological studies or molecular analyses focused on narrow groups. The sequence divergence of markers used for metabarcoding (e.g. 18S rRNA) in intestinal protists (amoebae, metamonads...) is to blame and thus escapes detection. We are working on a set of primers for intestinal protists that could remedy this situation. The aim of this work will be to test and further optimize these primers for guinea pig, chinchilla, and other rodent intestinal protists, followed by metabarcoding of the eukaryotic microbiome of one selected species. Experiences from the animal model will further be used to metabarcode intestinal protists in human klinical samples.
- assigned by the advisor