Strukturní a funkční studie poxvirové RNA polymerázy
| Thesis title in Czech: | Strukturní a funkční studie poxvirové RNA polymerázy |
|---|---|
| Thesis title in English: | Structural-functional investigation of the poxviral RNA polymerase |
| Key words: | RNA polymeráza, purifikace bílkovin, charakterizace bílkovin, poxviry, DNA viry |
| English key words: | RNA polymerase, protein purification, protein characterization, poxviruses, DNA viruses |
| Academic year of topic announcement: | 2024/2025 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | |
| Department: | Department of Genetics and Microbiology (31-140) |
| Supervisor: | RNDr. Martin Pospíšek, Ph.D. |
| Author: |
| Preliminary scope of work |
| Student/ka se bude podílet na běžícím projektu věnovaném studiu transkripce a translace u poxvirů. Jako model poxvirové RNA polymerázy (RNAP) bude zkoumána polymeráza z kvasinkových virům podobných elementů (VLE Kluyveromyces lactis). Laboratoř má k dispozici špičkové vybavení pro produkci, purifikaci a charakterizaci bílkovin. Student/ka se naučí metody přípravy expresních vektorů, heterologní produkci bílkovin v bakteriálním, kvasinkovém a hmyzím buněčném modelu, purifikaci bílkovin pomocí střednětlaké chromatografie a chrakterizaci bílkovin různými biochemickými a fyzikálním technikami včetně analýzy komplexů bílkovin s DNA a RNA pomocí SEC následované multidetektorovou analýzou. Laboratoř je financována s projektů GAČR a velkých rozvojových programů OP JAK a EXCELES financovaných EU. Laboratoř je též součástí nového Národního institutu virologie a bakteriologie (https://nivb.cz/cs/) Odkaz na web laboratoře: https://www.natur.cuni.cz/biologie/genetika/veda-a-vyzkum-1/laborator-biochemie-rna/laborator-biochemie-rna Doporučené publikace k tématu: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2019.02366/full https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1007377 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.07.15.204867v1 |
| Preliminary scope of work in English |
| The student will participate in a running project dedicated to the study of transcription and translation in poxviruses. A yeast virus-like element (VLE) Kluyveromyces lactis RNA polymerase (RNAP) will be investigated as a model poxviral RNA polymerase. The laboratory has state-of-the-art equipment for protein production, purification and characterization. The student will learn methods for the preparation of expression vectors, heterologous protein production in bacterial, yeast and insect cell models, protein purification by medium pressure chromatography and protein characterization by various biochemical and physical techniques including analysis of protein-DNA and RNA complexes by SEC followed by multi-detector analysis. The laboratory is funded by the GACR projects and the large EU-funded OP JAK and EXCELES development programmes. The laboratory is also part of the new National Institute of Virology and Bacteriology (https://nivb.cz/cs/) Link to the laboratory's website: https://www.natur.cuni.cz/biologie/genetika/veda-a-vyzkum-1/laborator-biochemie-rna/laborator-biochemie-rna Recommended publications on the topic: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2019.02366/full https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1007377 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.07.15.204867v1 |