Evoluce systému RAYT/REP u bakterií rodu Stenotrophomonas

• Thesis title in Czech: Evoluce systému RAYT/REP u bakterií rodu Stenotrophomonas
• Thesis title in English: Evolution of RAYT/REP system in Stenotrophomonas
• Key words: IS, komparativní genomika, RAYT, REP, Stenotrophomonas, YPAL
• English key words: IS, comparative genomics, RAYT, REP, Stenotrophomonas, YPAL
• Academic year of topic announcement: 2021/2022
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Supervisor: RNDr. Jaroslav Nunvář, Ph.D.
• Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 29.10.2021
• Date of assignment: 29.10.2021
• Confirmed by Study dept. on: 29.10.2021
• Date of electronic submission: 09.08.2023
• Date of proceeded defence: 14.09.2023
• Opponents: RNDr. Jiří Zahradník, Ph.D.
• Award: Thesis was put forward for an award

Preliminary scope of work

REP (repetitive extragenic palindrom) elementy jsou velmi abundantní skupinou repetitivních DNA sekvencí, které jsou jinak v bakteriálních genomech velmi vzácné. Proteiny rodiny RAYT (REP-associated tyrosine transposase) jsou na základě několika přímých a mnoha nepřímých dokladů považovány za mobilizátory a diseminátory REP elementů.
Cílem diplomové práce je rekonstruovat evoluční historii interakčního RAYT/REP u rodu Stenotrophomonas. Práce bude spočívat v bioinformatické analýze přibližně stovky kompletních genomů rodu Stenotrophomonas. Stěžejní částí práce bude analýza variability REP elementů a RAYT proteinů a jejich koevoluce.