hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
Date of registration:
07.10.2021
Date of assignment:
08.10.2021
Confirmed by Study dept. on:
08.10.2021
Advisors:
RNDr. Libuše Váchová, CSc.
Preliminary scope of work
Disertační práce je součástí projektu zaměřeného na studium molekulárních a buněčných mechanismů zapojených do vývoje kvasinkových kolonií a biofilmů. Nedávný výzkum odhalil novou regulaci tvorby biofilmu na rozhraní pevná látka-kapalina a uvolňování planktonních buněk (npj Biofilms Microbiomes 6, 7, 2020; PLoS Genet 14: e1007495, 2018) a novou regulační funkci komplexu Whi2p-Psr1p/Psr2p v koordinovaném vývoji strukturovaných populací kvasinek, důležitou pro evoluci populace a expanzi buněk s prospěšnými mutacemi (PNAS 117: 15123, 2020). Disertační práce se zaměří na identifikaci faktorů (koregulátorů, metabolitů) zapojených do interakcí mezi buňkami v rámci strukturovaných populací, do jejich interakce s prostředím, a do expanze buněk s novými vlastnostmi ve struktuře. Spektrum metodických přístupů bude zahrnovat konstrukce delečních kmenů a kmenů s proteiny značenými fluorescenčními tagy pro in situ charakterizaci specifických buněčných subpopulací pomocí fluorescenční mikroskopie, identifikaci metabolitu i proteomické/ fosfoproteomické přístupy.
Preliminary scope of work in English
The PhD thesis is part of a project investigating the molecular and cellular mechanisms involved in the development of yeast colonies and biofilms. Recent research has uncovered novel regulations involved in biofilm formation at the solid-liquid interface and dispersal of planktonic cells (npj Biofilms Microbiomes 6, 7, 2020; PLoS Genet 14: e1007495, 2018), as well as a novel regulatory function of the Whi2p-Psr1p/Psr2p complex in the coordinated development of yeast populations through a balance between cell cooperation and competition that is important for community evolution and expansion of cells with beneficial mutations (PNAS 117: 15123, 2020). The PhD project will focus on identifying factors (coregulators, metabolites) involved in interactions between cells within structured populations, interactions with the environment, and expansion of cells with novel properties within the structure. The spectrum of different approaches includes the construction of knockout strains and strains with proteins with fluorescent tags for in situ characterization of specific cell subpopulations using fluorescence microscopy, identification of metabolites and genome-wide proteomics/phosphoproteomics.
- assigned and confirmed by the Study Dept.