Funkční analýza diferenciálně exprimovaných miRNA v buněčných liniích HPV pozitivních a HPV negativních odvozených od nádorů různé anatomické lokalizace
Thesis title in Czech:
Funkční analýza diferenciálně exprimovaných miRNA v buněčných liniích HPV pozitivních a HPV negativních odvozených od nádorů různé anatomické lokalizace
Thesis title in English:
Functional analysis of differentially expressed miRNAs in HPV positive and HPV negative cell lines derived various anatomical localization
Spinocelulární karcinomy hlavy a krku zahrnují nádory ústní dutiny, hrtanu a orofaryngu a jsou šestým nejčastějším nádorovým onemocněním na světě. Hlavními rizikovými faktory je kouření, nadměrné užívání alkoholu a aktivní perzistentní infekce lidskými papilomaviry (HPV). HPV pozitivní (HPV+) nádory hlavy a krku se etiologicky liší od nádorů HPV negativních. HPV+ nádory jsou méně diferencované a častěji u nich dochází k vzniku metastáz, na druhou stranu ale mají pacienti s HPV asociovaným nádorem lepší prognózu onemocnění a lepe odpovídají na léčbu. Proto se uvažuje o individuální modifikaci léčby v závislosti na etiologii nádoru. Jedním z možných citlivých a klinicky významných biomarkerů etiologie nádorů mohou být miRNA, malé nekódující RNA regulující genovou expresi. Expresní profily ukázaly celou řadu diferenciálně exprimovaných miRNA specifických pro HPV-asociované nádory. Cílem této studie je stanovení funkce vybraných diferenciálně exprimovaných miRNA v buněčných liniích HPV pozitivních a HPV negativních odvozených od nádorů hlavy a krku. Prvním úkolem bude predikce cílových genů vybraných miRNA pomocí databáze miRDB (http://mirdb.org/) a miRWALK 2.0, druhým pak ověření změny exprese cílových genů po transfekci oligonukleotidů mimikujících dané miRNA a/nebo po inhibici exprese daných miRNA a sledování změn morfologie, migrace a proliferace buněčných linií.
Preliminary scope of work in English
Squamous cell carcinomas of the head and neck include tumors of the oral cavity, larynx and oropharynx and are the sixth most common cancer in the world. The main risk factors are smoking, alcohol abuse and active persistent human papillomavirus (HPV) infections. HPV positive (HPV +) head and neck tumors are etiologically different from HPV negative tumors. HPV + tumors are less differentiated and more likely to develop metastases, but on the other hand, patients with HPV associated tumors have a better prognosis and respond better to treatment. Therefore, individual modification of the treatment depending on the etiology of the tumor is considered. One of the possible sensitive and clinically important biomarkers of tumor etiology may be miRNAs, small non-coding RNAs regulating gene expression. Expression profiles showed a variety of differentially expressed miRNAs specific for HPV-associated tumors. The aim of this study is to determine the function of selected differentially expressed miRNAs in HPV-positive and HPV-negative head and neck tumor cell lines. The first task will be the prediction of target genes of selected miRNAs using the miRDB database (http://mirdb.org/) and miRWALK 2.0, the second will verify the change of target gene expression after transfection of oligonucleotides mimicking the miRNA and / or after inhibition of miRNA expression and monitoring morphology changes, migration and proliferation of cells.
- assigned by the advisor