Diversity of iris coloration during evolution of geckos (Gekkota)
| Thesis title in Czech: | Diverzita zbarvení duhovky v evoluci gekonů (Gekkota) |
|---|---|
| Thesis title in English: | Diversity of iris coloration during evolution of geckos (Gekkota) |
| Key words: | duhovka, pattern, evoluce, styl života, jasnost, gekon, fylogenetické komparativní metody |
| English key words: | iris, pattern, evolution, lifestyle, brightness, gecko, phylogenetic comparative methods |
| Academic year of topic announcement: | 2020/2021 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | angličtina |
| Department: | Department of Philosophy and History of Science (31-107) |
| Supervisor: | Mgr. Jindřich Brejcha, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 22.10.2020 |
| Date of assignment: | 22.10.2020 |
| Confirmed by Study dept. on: | 22.10.2020 |
| Date of electronic submission: | 10.08.2023 |
| Date of proceeded defence: | 12.09.2023 |
| Opponents: | Mgr. Jiří Šmíd, Ph.D. |
| Guidelines |
| Herpetologie Evoluční Biologie Moderní statistické metody |
| References |
| van den Berg, C. P., Troscianko, J., Endler, J. A., Marshall, N. J., & Cheney, K. L. (2020). Quantitative Colour Pattern Analysis (QCPA): A comprehensive framework for the analysis of colour patterns in nature. Methods in Ecology and Evolution, 11(2), 316-332. Uyeda, J. C., Zenil-Ferguson, R., & Pennell, M. W. (2018). Rethinking phylogenetic comparative methods. Systematic Biology, 67(6), 1091-1109. Han, D., Zhou, K., & Bauer, A. M. (2004). Phylogenetic relationships among gekkotan lizards inferred from C-mos nuclear DNA sequences and a new classification of the Gekkota. Biological Journal of the Linnean Society, 83(3), 353-368. OLIPHANT, L. W., HUDON, J., & BAGNARA, J. T. (1992). Pigment cell refugia in homeotherms—the unique evolutionary position of the iris. Pigment cell research, 5(6), 367-371. |
| Preliminary scope of work |
| Úkolem studenta bude sestavit databázi zbarvení očí u gekonů (Gekkota) a vymapovat charakteristiky vzorování duhovky na fylogenetický strom. Práce si klade za cíl odpovědět na dvě otázky: 1 ) Jak častý je mezi gekony "žilkovaný" vzor duhovky, 2) Jak se vyvíjela komplexita vzorování duhovky u gekonů v průběhu evoluce. K řešení práce student použije zejména fotografie publikované v odoborných pracích a ověřené fotografie z elektronických zdrojů. Duhovky bude charakterizovat pomocí přede stanovených kategoríí. Další částí práce bude objektivně zhodnotit zbarvení duhovky pomocí softwaru: bude vybrána standardizovaná část duhovky, tato část bude ožiznuta na čtverec a tento obrázek bude vyhodnocen pomocí softwarů QCPA nebo Patternize v programech ImageJ a R. Hodnoty duhovek budou vymapovány na fylogenetický strom (sestavený na základě publikovaných dat) pomocí maximum likelyhood a bayesianských fylogenetických komparativních metod. |
| Preliminary scope of work in English |
| The goal of the student will be to make a database of eye coloration of geckos (Gekkota) and map characteristics of their color-pattern of phylogenetic tree. The main questions are: 1) How often is "veination" pattern of iris among geckos, 2) How were the evolutionary dynamics of patterning of iris of geckos during evolution. To reach these goals student will work mainly with published pohotographs in peer-reviewed studies and verified electronic databases. Irises will be characterised using defined categories. Next step will be to select a defined square on the pictures of irises and analyse those using suftware such as ImageJ or R (packages QCPA, Patternize). Values obtained during these analyses will be mapped on phylogenetic tree (based on published data) using maximum likelyhood and bayesian inferece based phylogenetic comparative methods. |