Effect of endosymbionts on composition and properties of Trichomonas vaginalis exosomes

• Thesis title in Czech: Vliv endosymbiontů na složení a vlastnosti exosomů Trichomonas vaginalis
• Thesis title in English: Effect of endosymbionts on composition and properties of Trichomonas vaginalis exosomes
• English key words: endosymbionts, dsRNA virus, TVV, mycoplasma, exosome, parasite, Trichomonas vaginalis, bioinformatics
• Academic year of topic announcement: 2020/2021
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: angličtina
• Department: Department of Cell Biology (31-151)
• Supervisor: prof. RNDr. Jan Tachezy, Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor, waiting for guarantor's approval
• Date of registration: 15.10.2020
• Date of assignment: 19.10.2020
• Date of electronic submission: 11.08.2022
• Date of proceeded defence: 13.09.2022
• Opponents: prof. RNDr. Jan Černý, Ph.D.
• Advisors: RNDr. Petr Rada, Ph.D.

Guidelines

Biologie parazitickych protist
Methods of functional genomics (MB140P86)
Imunologii parazitárních nákaz I a II (MB160P35 a MB160S70)

Preliminary scope of work

Práce bude zaměřena především na komparativní proteomiku a transkriptomiku exosomů, izolovaných z klonů T. vaginalis a to z klonů, které nemají endosymbionty a ty co je mají (např. dsRNA virus, mycoplasma) a stejně tak z klonů s různou mírou virulence. Rovnež bude studována imunitní odpověď VEC buněk na expozici exosomů. Práce bude vyžadovat bioinformatické znalosti pro porovnávání hrubých dat, anotace, characteriace pomocí různých bioinformatických nástrojů atd. Vybrané proteiny (geny), které se budou výrazně lišit v expresi budou dále funkčně studovány. Předpokládá se absolvování bioinformatických kurzů v rámci spolupráce s EMBL.