Horizontální genový přenos (HGT) zahrnuje přenos genů mezi nepříbuznými organismy. Současné studie naznačují, že HGT je důležitým zdrojem evolučních novinek u mikrobiálních eukaryot a umožňuje adaptovat se na nová prostředí. Nicméně také platí, že důležitost HGT v eukaryotické evoluci je stále předmětem vzrušených debat. Navrhovaný projekt bude spočívat v provedení srovnávacích transkriptomických a genomických studií vybraných zástupců skupiny Heterolobosea - hluboké linie eukaryot, která zahrnuje nejméně tři volně žijící, fakultativně či obligátně anaerobní skupiny. Student provede sekvenaci genomů pomocí Illumina a Oxford Nanopore a následně i bioinformatické analýzy získaných dat. S použitím heteroloboseí jako modelové skupiny student prozkoumá roli HGT v evoluci anaerobního způsobu života.
Preliminary scope of work in English
Horizontal gene transfer (HGT) involves transfer of genes between unrelated organisms. Recent studies indicate that HGT is an important source of evolutionary novelties in microbial eukaryotes and provides the capacity to adapt to new environments. However, importance of HGT for eukaryotic evolution and evolution of anaerobiosis is still subject of heated debate. The proposed project aims to perform comprehensive transcriptomic and genomic analyses of strategically sampled representatives of Heterolobosea, a deep-branching eukaryotic group that includes at least three free-living, facultatively or obligately anaerobic lineages. Using Heterolobosea as a model group, the student will examine the role of horizontally acquired genes in the evolution of anaerobiosis. Student will perform genome sequencing by illumina and Oxford Nanopore followed by bioinformatical analyses of the data.
- assigned by the advisor