Searching for microtubule inner proteins

• Thesis title in Czech: Pátrání po vnitřních proteinech mikrotubulů
• Thesis title in English: Searching for microtubule inner proteins
• Academic year of topic announcement: 2019/2020
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: angličtina
• Department: Department of Cell Biology (31-151)
• Supervisor: RNDr. Lenka Libusová, Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor, waiting for guarantor's approval
• Date of registration: 08.11.2019
• Date of assignment: 08.11.2019
• Date of electronic submission: 11.08.2021
• Date of proceeded defence: 09.09.2021
• Opponents: Mgr. Vladimír Varga, Ph.D.
• Award: Thesis was put forward for an award

Preliminary scope of work

Mikrotubuly tvoří klíčovou část buněčné cytoskeletární sítě. Proteiny, které jsou s mikrotubuly asociovány zvenčí, jsou detailně studovány. Naopak vnitřní mikrotubulární proteiny byly dosud stranou zájmu. Hlavním cílem tohoto projektu je pokusit se identifikovat proteiny, které lokalizují do lumen mikrotubulů. Do práce budou zahrnuty jak dynamické mikrotubuly (na modelu lidských tkáňových kultur), tak i ty stabilizované v axonemě spermatocytů.
Pro identifikaci proteinů uvnitř mikrotubulů bude využita metoda „proximity ligation assay“: Bude vytvořena buněčná linie stabilně exprimující dříve identifikovaný vnitřní protein fúzovaný s enzymem kovalentně modifikujícím blízké proteiny. Vyizolované modifikované proteiny budou analyzovány pomocí hmotnostní spektrometrie. Dále bude využita metoda kryo-elektronové mikroskopie (ve spolupráci se zahraničním pracovištěm) pro identifikaci proteinů tzv. TAILS komplexu (Tail Axoneme Intra-Lumenal Spiral).