Cílem práce je analyzovat dynamiku diferenciace a de-diferenciace specifických buněk kvasinkových kolonií a připravit optogenetický systém, který bude následně využit pro studium diferenciace. První část práce bude zaměřena na analýzu schopnosti U buněk kvasinkových kolonií dediferencovat, resp. ztratit specifické proteinové markery, případně získat markery L buněk kolonií a paralelně na analýzu schopnosti L buněk kolonií diferencovat (získat specifické markery) U buněk. V této části budou využity kromě mikrobiologických mětod, především metody analýzy ultrastruktury kolonií (řezy) kombinované s fluorescenční i wide-field mikroskopií. De-diferenciace a re-diferenciace tak bude monitorována v prostoru i v čase. V druhé části se student zaměří na přípravu plasmidů nesoucích komponenty vybraného optogenetického systému pro vnesení tohoto systému do genomu Saccharomyces cerevisiae a na následnou analýzu funkčnosti systému v koloniích. Při přípravě budou využity metody molekulární biologie a genového inženýrství (např. isolace plasmidů, PCR, elektroforéza, štěpení restrikčními endonukleásami a ligace) a metody manipulace kvasinkových buněk (např. transformace).
- assigned by the advisor