Regularization methods for discrete inverse problems in single particle analysis
| Thesis title in Czech: | Regularizační metody pro řešení diskrétních inverzních problémů v single particle analýze |
|---|---|
| Thesis title in English: | Regularization methods for discrete inverse problems in single particle analysis |
| Key words: | kryo-elektronová mikroskopie, single particle analýza, rekonstrukce obrazu, šum, regularizace |
| English key words: | cryo-electron microscopy, single particle analysis, image reconstruction, noise, regularization |
| Academic year of topic announcement: | 2017/2018 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | angličtina |
| Department: | Department of Numerical Mathematics (32-KNM) |
| Supervisor: | doc. RNDr. Iveta Hnětynková, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 10.10.2017 |
| Date of assignment: | 02.11.2017 |
| Confirmed by Study dept. on: | 22.11.2017 |
| Date and time of defence: | 11.02.2019 13:00 |
| Date of electronic submission: | 04.01.2019 |
| Date of submission of printed version: | 04.01.2019 |
| Date of proceeded defence: | 11.02.2019 |
| Opponents: | Martin Plešinger |
| Advisors: | Mgr. Lukáš Maršálek |
| Guidelines |
| Tato práce se bude zabývat řešením diskrétních inverzních problémů vznikajících v single particle analýze (SPA, taktéž nazývané single particle rekonstrukce SPR), spadající do oblasti metod zpracování obrazové informace pro aplikace v elektronové a kryo-elektronové (cryoEM) mikroskopii. Řešitel(ka) nejprve prostuduje a popíše matematický model rekonstrukce obrazu z projekcí včetně jeho diskretizace. Poté se zaměří na otázku efektivního řešení vnitřních diskrétních inverzních problémů pomocí iteračních regularizačních metod. Práce bude vedena ve spolupráci s firmou Eyen SE, která poskytne sady modelových (simulovaných) testovacích dat včetně zatížení šumem. Předpokládá se práce v programovém prostředí MATLAB a následná programová realizace v jazyce C++.
|
| References |
| J.-J. Fernandez: Computational methods for electron tomography, Micron 43 (10), 2012, pp. 1010-1030.
J. Frank: Three-Dimensional Electron Microscopy of Macromolecular Assemblies: Visualization of Biological Molecules in Their Native State, Oxford University Press, Second Edition, 2006. P. C. Hansen: Discrete Inverse Problems: Insight and Algorithms, SIAM, 2010. F. Natterer, F. Wübbeling: Mathematical Methods in Image Reconstruction, SIAM, 2001. |