Komplexy miRNA s cílovou RNA sekvencí

• Thesis title in Czech: Komplexy miRNA s cílovou RNA sekvencí
• Thesis title in English: miRNA complexes with the target RNA sequence
• Key words: RNA, miRNA, Ramanova spektroskopie, UV absorpce, tání nukleových kyselin
• English key words: RNA, miRNA, Raman spectroscopy, UV absorption, melting of nucleic acids
• Academic year of topic announcement: 2016/2017
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Institute of Physics of Charles University (32-FUUK)
• Supervisor: prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.
• Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 04.11.2016
• Date of assignment: 04.11.2016
• Confirmed by Study dept. on: 10.01.2017
• Date and time of defence: 18.09.2018 09:00
• Date of electronic submission: 20.07.2018
• Date of submission of printed version: 20.07.2018
• Date of proceeded defence: 18.09.2018
• Opponents: Mgr. Václav Římal, Ph.D.
• Advisors: RNDr. Kateřina Hofbauerová, Ph.D.

Guidelines

1. Osvojit si techniky měření UV absorpce a Ramanova roptylu zředěných roztoků biomolekul.
2. Seznámit se se současnými výsledky studia interakce miRNA s cílovou sekvencí LCS1 a s jejími strukturními modely za různých podmínek pomocí metody SPR.
3. Navrhnout sérii RNA oligonukleotidů pro spektroskopická měření a podílet se na zajišťování a přípravě vzorků.
4. Navrhnout a realizovat sadu měření spekter Ramanova rozptylu a UV absorpce směsí interagujících RNA oligonukleotidů v závislosti na teplotě a koncentraci
jednomocných nebo dvojmocných kationtů.
5. Zpracovat výsledky měření a provést jejich detailní analýzu se záměrem objasnění specifické funkce vícemocných iontů při stabilizaci komplexů miRNA s cílovým
segmentem mRNA.

References

W. Saenger, Principles of nucleic acid structure, Springer, Berlin 1988
V.Prosser a kol., Experimentální metody biofyziky, Academia, Praha 1989 (vybrané cásti)
E.R.Malinowski, Factor analysis in chemistry, Wiley-Interscience, New York 2002
Vybraný soubor původních vědeckých prací.