Genotypizace polyomavirů - forenzní nástroj nebo diagnostické vodítko?

• Thesis title in Czech: Genotypizace polyomavirů - forenzní nástroj nebo diagnostické vodítko?
• Thesis title in English: Polyomavirus genotyping - forensic or diagnostic tool?
• Key words: polyomavirus, BK virus, JC virus, polyomavirus karcinomu Merkelových buněk, genotyp, diagnostika, forenzní analýza
• English key words: polyoamvirus, BK virus, JC virus, Merkel cell polyomavirus, genotype, diagnostics, forensic analysis
• Academic year of topic announcement: 2015/2016
• Thesis type: Bachelor's thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Supervisor: RNDr. Hana Španielová, Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor
• Date of registration: 11.11.2015
• Date of assignment: 18.12.2015

Preliminary scope of work

Lidské viry z čeledi Polyomaviridae jsou malé neobalené DNA viry, které po tisíciletí ko-existují v lidské populaci. I když sérologicky lze většinou odlišit jediný sérotyp, na základě molekulárně genetické analýzy virových genomů lze identifikovat specifické genotypy. Je zajímavé, že jednotlivé genotypy se v populaci vyskytují v relativně ohraničených geografických regionech. Více genotypů se nachází v místech, kde docházelo k mísení populací a polyomaviry tak mohou sloužit jako bio-antropogenní marker pro mapovaní migrace lidské populace nebo dokonce jako pomocný nástroj pro identifikaci původu osob ve forenzní kriminalistice. Prevalence polyomavirů v lidské populaci je vysoká (40-100%), k infekci dochází již v dětství a virus v hostiteli perzistuje po celý život. Infekce je bezpříznaková, ale za určitých okolností (imunosuprese) může vyústit v závažná onemocnění.
Zadávaná práce má tři základní cíle. Prvním cílem práce je podat přehled o způsobech a kriteriích rozčlenění klinicky nejvýznamnějších lidských polyomavirů JCPyV, BKPyV a MCPyV do sérotypů, subtypů a genotypů a subgenotypů tak, jak jsou publikovány v literatuře. Druhým cílem je vyhodnotit, zda a kdy dochází ke ko-infekci nebo superinfekci více genotypy v rámci jednoho jedince a zda lze tedy polyomaviry použít jako forenzní nástroj. Třetím cílem je vyhodnotit zda existuje možnost, že mají různé genotypy změněný tkáňový tropismus nebo virulenci in vivo.