Odumřelá rostlinná biomasa – opad a mrtvé dřevo - představuje specifický substrát, bohatý na organické živiny, jejichž využití je však limitováno jejich omezenou fyzickou dostupností a nízkým obsahem dusíku. Proto se na tomto substrátu vyvíjí specifické společenstvo mikroorganismů s převahou hub, jejichž biomasa zde silně dominuje. V důsledku aktivity hub dochází ke specifickým změnám substrátu včetně snížení pH a postupného uvolňování živin rozkladnou činností extracelulárních enzymů hub. Údaje o složení a funkci bakteriálních společenstev v průběhu rozkladu biomasy jsou zatím omezené. Cílem práce je pomocí molekulárních i mikrobiologických metod popsat složení společenstva bakterií v průběhu postupného rozkladu organické hmoty na rostlinném opadu (rychlá dekompozice) a mrtvém dřevě stromů různého druhu a stáří (pomalý rozklad). Pro studium společenstva bude využito kombinace nejnovějších přístupů současné mikrobiální ekologie včetně next-generation-sequencing a isolace bakterií, asociovaných s různými fázemi rozkladu. Isoláty budou podrobně charakterizovány z hlediska metabolických schopností. Získané výsledky budou použity pro popis struktury a funkce bakteriální složky, asociované s odumřelou rostlinnou biomasou.
Preliminary scope of work in English
Dead plant biomass – litter and deadwood – represents a specific substrate which is rich in organic compounds, but their availability is limited by physical constraints and low N content. This is why a specific microbial community rich in fungal biomass develops on these substrates. The activity of fungi leads to the decrease of pH as well as continuous supply of nutrients liberated by fungal enzymes. The information about the bacterial community associated with these specific substrates remains limited. The aim of this work is to use a combination of molecular and microbiological methods to describe the composition of the bacterial community during succession on litter (rapid decomposition) and deadwood of different species and age (slow decomposition). The study will rely on advance methods of molecular biology including next-generation-sequencing to characterize the composition of bacterial community and isolation of bacterial strains from various stages of decomposition. The isolates will be characterised with respect to their metabolic capabilities. The results of this work will be used for the description of the structure and function of the bacterial component of the dead plant biomass-associated microbiota.
- assigned by the advisor