Kořeny rostlin představují specifickou niku. Oproti půdnímu prostřední představují kořeny místo s podstatně vyšší dostupností živin, zejména díky přísunu uhlíkatých produktů fotosyntézy. Kořeny proto umožňují život řadě mikroorganismů, které tyto látky využívají. Mikroorganismy v kořenech ale na druhou stranu mohou čelit nedostatku dalších živin, například dusíku a fosforu. Na rozdíl od bakterií dovede řada vláknitých hub transportovat tyto látky z půdy a jejich mycelia se tak vyskytují i v tomto prostředí – typickým příkladem jsou ektomykorrhizní houby, asociované s kořeny stromů. Praktická práce se zaměří na popis společenstva hub v živých ektomykorrhizních a nemykorrhizních kořenech a v odumřelých kořenech smrku, dále v půdě rhizosféry a v půdě mimo rhizosféru. Popis proběhne na základě isolace DNA a její analýzy v před a po vykácením porostu smrku ztepilého (Picea abies). Houby, asociované s kořeny jednotlivých typů budou isolovány v čistých kulturách, jejich genetický potenciál bude testován na základě detekce genů pro enzymy, rozkládající organickou hmotu a u kultur budou studovány schopnosti rozkladu organických látek a produkce příslušných enzymů. Bude sledována změna společenstva mikroorganismů, způsoběná odumřením kořene a rozklad biomasy kořene.
Preliminary scope of work in English
Plant roots represent a specific niche. In contrast to the bulk soil environment, roots represent a habitat with higher nutrient availability due to the supply of photosynthesis-derived C-containing compounds. The roots thus support the life of various microorganisms that use such compounds, but the root-associated microbes in the same time may face a limitation in N and P availability. Unlike bacteria, many filamentous fungi are able transport these compoinds from soil and their mycelia thus typically extend into this environment. Practical work will include the description of the fungal communities in live ectomycorrhizal and nonmycorrhizal roots as well as dead roots of spruce, in the surrounding rhizosphere and in the bulk soil. The analysis will be based on DNA isolation and analysis before and after cutting of the spruce (Picea abies) trees. Fungi, associated with roots of various types will be isolated as pure cultures and their genetic potential will be tested based on the detection of genes decomposing organic matter, utilization of various organic substrates and production of extracellular enzymes. The development of fungal community after the death of the root will be specifically addressed.
- assigned by the advisor