Modelování interakcí cytochromů P450 s flavodoxinem

• Thesis title in Czech: Modelování interakcí cytochromů P450 s flavodoxinem
• Thesis title in English: Interaction of Cytochromes P450 with Flavodoxin: a theoretical study
• Key words: cytochromy P450, flavodoxin, protein-protein interakce, počítačové modelování, docking, molekulová dynamika
• English key words: cytochromes P450, flavodoxin, protein-protein interactions, computer-aided modeling, docking, molecular dynamics
• Academic year of topic announcement: 2011/2012
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Biochemistry (31-250)
• Supervisor: doc. RNDr. Václav Martínek, Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor, waiting for guarantor's approval
• Date of registration: 30.10.2011
• Date of assignment: 06.12.2011
• Date of electronic submission: 10.05.2013
• Date of proceeded defence: 27.05.2013
• Opponents: Mgr. Josef Chmelík, Ph.D.

Preliminary scope of work

Během řešení práce se posluchač seznámí se základními technikami počítačového modelování vzájemných interakcí proteinů. Bude využito programů pro informací řízený i ab initio protein-protein docking, s následnou optimalizací struktury pomocí technik molekulové dynamiky. Výsledky opak budou korelovány s experimentálními daty případně použity k návrhu cílených mutací vedoucích k zesílení pozorované interakce.
Vzhledem k povaze práce je téma vhodné pro studenta znalého základů bioinformatiky, výhodou je také zkušenost s operačními systémy bázi unixu.
Pokud máte o tuto práci zájem, prosím kontaktujte mne, rád Vám poskytnu bližší informace, popř. přizpůsobím téma práce.