Zpřesněné stanovení stability duplexů DNA pomocí UV spektroskopie
| Thesis title in Czech: | Zpřesněné stanovení stability duplexů DNA pomocí UV spektroskopie |
|---|---|
| Thesis title in English: | Improved determination of DNA duplex stability by using UV spectroscopy |
| Key words: | DNA, UV absorpce, tání duplexu, faktorová analýza |
| English key words: | DNA, UV absorption, duplex melting, factor analysis |
| Academic year of topic announcement: | 2011/2012 |
| Thesis type: | Bachelor's thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Institute of Physics of Charles University (32-FUUK) |
| Supervisor: | prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 18.10.2011 |
| Date of assignment: | 25.10.2011 |
| Confirmed by Study dept. on: | 12.12.2011 |
| Date and time of defence: | 19.06.2012 00:00 |
| Date of electronic submission: | 25.05.2012 |
| Date of submission of printed version: | 22.05.2012 |
| Date of proceeded defence: | 19.06.2012 |
| Opponents: | RNDr. Eva Kočišová, Ph.D. |
| Advisors: | Mgr. Barbora Profantová, Ph.D. |
| Mgr. Pavla Pečínková | |
| Guidelines |
| Rešení práce bude vyžadovat splnení následujících dílčích úkolů:
1. Seznámit se s základními principy absorpcní spektroskopie. 2. Obeznámit se s konstrukcí a obsluhou UV spektrometru. 3. Udelat rešerši publikovaných doporučení pro stanovování termodynamických parametrů při rozpadu duplexu DNA (změna enthalpie a entropie) z UV absorpčních merení. 4. Provést měření teplotních závislostí UV absorpčních spekter vybraných selfkomplementárních úseků DNA při různých koncentracích a provést faktorovou analýzu získaných spektrálních sérií. 5. Určit termodynamické parametry na základě klasického přístupu i pomocí fitu koeficientů z faktorové analýzy a porovnat přesnost a robustnost obou přístupů. |
| References |
| 1. W. Saenger: Principles of nucleic acid structure. Springer, New York 1984
2. V. Prosser a kol.: Experimentální metody biofyziky. Academia, Praha 1989 3. M.G. Gore: Spectrophotometry and spectrofluorimetry. Oxford Univ.Press, New York 2000 |
| Preliminary scope of work |
| Standardní určování parametrů stability dvojšroubovice DNA je založené na sledování teplotní závislosti
absorbance při jedné vlnové délce (260 nm). Moderní spektrometry umožňují měřit poměrně přesně celá spektra. V naší laboratoři jsme zjistili, že při aplikaci faktorové analýzy lze získat údaje nejen o změnách celkové absorbance, ale i o jemných změnách tvaru spektra, které v sobě nesou novou informaci o procesu teplotně indukovaného rozpadu duplexu. Cílem bakalářské práce je zjistit, do jaké míry může tento nový přístup zpřesnit určované termodynamické parametry, které jsou klíčovými údaji například při testování nových chemoterapeutik na bázi modifikovaných analog krátkých úseků nukleových kyselin. |