Mikroskopické přístupy a analýza obrazu v biomedicíně a mikrotechnologiích (BIOIMAGE)
Základní informace | |
| Mikroskopické přístupy a analýza obrazu v biomedicíně a mikrotechnologiích | |
| Kód varianty (CID): | 9456 |
| běží přijímací řízení | |
| Zaměření: | Program CŽV - zájmový |
| Fakulta: | Přírodovědecká fakulta |
| Centrum dalšího vzdělávání [31-643] | |
| kombinovaný | |
| angličtina | |
| Mikroskopické přístupy a analýza obrazu v biomedicíně a mikrotechnologiích je 5denní praktický kurz, jehož cílem je výuka analýzy a vizualizace mikroskopických dat. Workshop je orientován na interaktivní výuku. Pod vedením zkušených lektorů mohou účastníci spolupracovat, diskutovat a rozvíjet své pracovní postupy analýzy obrazu. Účastníci budou mít přístup k speciálně vyvinutým výukovým materiálům. Den 1 se zaměřuje na základní pochopení technik získávání obrazu, teorie počítačové grafiky a analýzy obrazu, zatímco den 2 a 3 jsou věnovány praktickým lekcím s využitím open-source nástroje ImageJ a komerčního softwaru. Čtvrtý den se bude věnovat analýze dat a technikám vizualizace se zaměřením na reprodukovatelnost analýzy obrazu a přípravu snímků pro prezentační a publikační účely. Na konci 4. dne se kurz zaměří na selekci a přípravu projektů účastníků. Poslední den (5. den) kurzu je věnován tvorbě společného projektu a prezentacím účastníků. Na konci workshopu budou mít účastníci dovednosti potřebné k efektivní analýze, vizualizaci a interpretaci svých obrazových dat. V rámci kurzu budou účastníci seznámeni s principy moderní metodiky analýzy obrazu a základy světelné mikroskopie Účastníci budou též seznámeni s novinkami a pokroky ve vývoji BioImage Analysis v komerčních o open source softwarech. Účastník tak získá nadhled v klasických i nejnovějších analytických technikách a možnostech analýzy výsledných dat. V praktické části si účastníci osvojí principy pro vhodné zpracování a analýzu získaných dat. Na vzorových datech se naučí metody analýzy obrazu s důrazem na volně dostupný program ImageJ/FIJI a několik vybraných komerčních programů. Na konci kurzu si studenti ověří získané znalosti na samostatném řešení. Zadání se bude zakládat na vzorových příkladech analýzy obrazových dat. Závěrečný projekt by měl prokázat schopnost studenta aplikovat znalosti a dovednosti získané během workshopu v reálném kontextu výzkumu. Projekt bude hodnocen na základě kvality, přesnosti a etiky analýzy dat, srozumitelnosti a efektivity vizualizací a komunikace a celkové kreativity a inovace prokázané v projektu. Typ hodnocení: Studenti navrhnou, implementují a prezentují pracovní postup analýzy obrazu pro konkrétní výzkumnou otázku pomocí datové sady poskytnuté vyučujícím nebo vlastního výzkumného projektu studenta. |
|
| Úspěšné složení kurzu zvýší kvalifikaci absolventů pro akademický i komerční sektor. Znalost: ● vyjmenovat a popsat klíčové pojmy v analýze obrazu, včetně získávání, zpracování, analýzy a etiky obrazu. ● vysvětlit, jak provádět základní operace zpracování obrazu, jako je filtrování a segmentace. ● analyzovat a interpretovat kvantitativní data získaná analýzou obrazu. dovednosti: ● navrhovat, plánovat a implementovat pracovní postupy analýzy obrazu pro své vlastní výzkumné projekty. ●aplikovat různé techniky zpracování obrazu a analýzy na různé typy biologických dat. ● používat relevantní softwarové nástroje pro analýzu obrazu, Kompetence: ● Studenti budou schopni uplatnit své znalosti a dovednosti v kontextu vlastních výzkumných projektů. ● identifikovat a řešit problémy související s analýzou obrazu. ● efektivně komunikovat své poznatky a výsledky vědeckému i nevědeckému publiku. ● kriticky zhodnotit kvalitu a spolehlivost dat a výsledků analýzy obrazu. |
|
| Bioanalytické metody | |
| Bioimage analysis workshop | |
| Výuka budě probíhat blokově 2. týden v únoru v místnosti č. 311. | |
| 15 | |
| Student je schopen absolvovat kurz v AJ a úspěšně dokončit online přípravnou část. | |
 MCI_PřF_Mikroskopické přístupy a analýza obrazu v biomedicíně a mikrotechnologiích.docx, A MCII_PřF_Mikroskopické přístupy a analýza obrazu v biomedicíně a mikrotechnologiích.docx, A |
|
Podrobnosti v rozvrhu | |
Statistika pro MŠMT | |
| Biologie (0511) | |
Podmínky absolvování a kvalifikace | |
| prezentace projektu | |
| Certifikace: | Osvědčení o absolvování programu |
| 2 (2 kredity) | |
 |
|
|
|
Garant a místo | |
| Mgr. Zuzana Burdíková, Ph.D. Mgr. Judith Garcia Gonzalez Ing. Martin Schätz, Ph.D. RNDr. Jakub Soukup, Ph.D. |
|
| Sekce biologie | |
| Sekce biologie | |
| Viničná 7, Praha 2 | |
| Mgr. Zuzana Burdíková, Ph.D. | |
Termín a délka | |
| 2023/2024 | |
| letní semestr, Únor | |
| 05.02.2024 | |
| Krátkodobé | |
| 30 (v hodinách celkem) | |
| 2x15 hod. | |
Poplatky a financování | |
| 1000 Kč / týden | |
| Pilotní kurz zdarma, dále 1000Kč academia, 3000Kč Industry | |
Přihláška | |
| VMCF | |
| Mgr. Zuzana Burdíková, Ph.D. | |
| zuzana.burdikova@natur.cuni.cz | |
| 420 221 951 9 | |
| 01.10.2023 | |
| 31.01.2024 | |
|
|