Cα a Cβ zhrubené modely pro studium struktury funkčních materiálů založených na peptidech
| Název práce v češtině: | Cα a Cβ zhrubené modely pro studium struktury funkčních materiálů založených na peptidech |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Cα and Cβ based coarse-grained models for study of structures of peptide-based functional materials |
| Klíčová slova: | zhrubený model, struktura molekul, interakční potenciál |
| Klíčová slova anglicky: | coarse-grained model, molecular structure, interaction potential |
| Akademický rok vypsání: | 2024/2025 |
| Typ práce: | bakalářská práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Katedra fyzikální a makromol. chemie (31-260) |
| Vedoucí / školitel: | Ing. Lucie Nová, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 31.10.2024 |
| Datum zadání: | 31.10.2024 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 04.11.2024 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 15.05.2025 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 05.06.2025 |
| Oponenti: | Pablo Miguel Blanco Andrés, Ph.D. |
| Konzultanti: | prof. RNDr. Filip Uhlík, Ph.D. |
| Ocenění: | Práce byla navržena na ocenění |
| Předběžná náplň práce |
| Funkční materiály založené na peptidech nacházejí uplatnění například v medicíně při cílené dopravě a kontrolovaném uvolňování léčiv. Struktura těchto materiálů určuje jejich funkci, proto je zásadní této struktuře nejen porozumnět, ale umět ji i předpovědět. Pro tyto účely je vhodné molekulové modelování- molekulová dynamika. Modelování peptidických materiálů v atomistickém rozlišení je velmi výpočetně náročné, a proto často využíváme zjednodušené (zhrubené) modely. Náplní této práce je vývoj zhrubených (coarse-grained) modelů pro studium strukury funkčních materiálů založených na peptidech. Tyto modely budou založeny na interakcích mezi Cα nebo Cβ uhlíky peptidů. Student/ka bude na základě zákonitostí chování polymerních řetězců a s využitím známých dat o struktuře peptidů a proteinů vytvářet své vlastní silové pole skládající se z nevazebných a vazebných (úhlových a dihedrálních) potenciálů. Tuto první aproximaci silového pole bude dále zpřesňovat pomocí iterativní Boltzmannovy inverze. Výhodou je chuť samostatně programovat/kódovat. |