Témata prací (Výběr práce)Témata prací (Výběr práce)(verze: 368)
Detail práce
   Přihlásit přes CAS
Characterization of thermodynamically stabilizing mutations in a light-producing deoxyribozyme using NMR spectroscopy
Název práce v češtině: Charakterizace termodynamicky stabilizujících mutací ve světlo-produkujícím deoxyribozymu pomocí NMR spektroskopie
Název v anglickém jazyce: Characterization of thermodynamically stabilizing mutations in a light-producing deoxyribozyme using NMR spectroscopy
Klíčová slova: deoxyribozym, katalytická DNA, termostabilita, tání, nukleární magnetická rezonance
Klíčová slova anglicky: deoxyribozyme, catalytic DNA, thermostability, melting, nuclear magnetic resonance
Akademický rok vypsání: 2020/2021
Typ práce: bakalářská práce
Jazyk práce: angličtina
Ústav: Laboratoř NMR spektroskopie (31-204)
Vedoucí / školitel: RNDr. Zdeněk Tošner, Ph.D.
Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
Datum přihlášení: 10.11.2020
Datum zadání: 10.11.2020
Datum odevzdání elektronické podoby:23.08.2021
Datum proběhlé obhajoby: 07.09.2021
Oponenti: Mgr. Klára Kohoutová
 
 
 
Konzultanti: Edward Arthur Curtis, Ph.D.
Předběžná náplň práce
Ve spolupráci se skupinou Dr. Curtise se budeme věnovat studiu světlo-produkujícímu DNA enzymu a jeho mutacím, jejichž stabilita vzhledem k teplotě tání bude sledována pomocí 1H NMR spektroskopie.
Tato práce bude vedena v anglickém jazyce. Bližší náplň práce je tedy uvedena v anglické verzi.
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
Like proteins, DNA molecules can catalyze chemical reactions. Inspired by the potential uses of catalytic DNA, an artificial evolution was used in Dr. Curtis’ lab to identify a deoxyribozyme that catalyzes a chemiluminescent reaction. Our current goal is to obtain a structure of this deoxyribozyme at atomic-level resolution.
In the case of both protein and nucleic acid enzymes, high-resolution structural characterization is often facilitated by mutations that increase stability at high temperatures. A rational design approach was chosen to identify such modifications; a series of previously described stabilizing loops were inserted into a hairpin in the catalytic core of the deoxyribozyme, and NMR spectroscopy was used to characterize the effect of these loop sequences on the melting temperature of the deoxyribozyme.
Variable-temperature (VT) 1H-NMR spectra of these variants were measured, and the melting transition of their structure was investigated. In addition, the ability of deoxyribozymes to retain their catalytic activity at higher temperatures was studied and provided further insight into the sequence elements that demonstrate a thermostabilizing effect.
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK