Molekulové simulace vlivu intenzivního subTHz elektrického pole na proteiny
| Název práce v češtině: | Molekulové simulace vlivu intenzivního subTHz elektrického pole na proteiny |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Molecular simulations of the effect of intense subTHz electric field on proteins |
| Klíčová slova: | tubulin|mikrotubuly|elektrická pole|molekulární dynamika|nerovnováha|subTHz |
| Klíčová slova anglicky: | non-equilibrium|subTHz|tubulin|microtubules|electric fields|molecular dynamics |
| Akademický rok vypsání: | 2021/2022 |
| Typ práce: | diplomová práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Katedra chemické fyziky a optiky (32-KCHFO) |
| Vedoucí / školitel: | doc. Ing. Pavel Soldán, Dr. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 19.10.2021 |
| Datum zadání: | 31.10.2021 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 12.01.2024 |
| Datum a čas obhajoby: | 13.09.2024 09:00 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 18.07.2024 |
| Datum odevzdání tištěné podoby: | 18.07.2024 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 13.09.2024 |
| Oponenti: | RNDr. Zdeněk Futera, Ph.D. |
| Konzultanti: | Ing. Michal Cifra, Ph.D. |
| Zásady pro vypracování |
| 1. Briefly review current works on electric field effects on proteins with a focus on all atom molecular dynamics simulations and oscillating (1 – 1000 GHz) electric field
2. Implement and test electric field in the classical molecular dynamics simulations software 3. Analyze effects of electric field on the structure and dynamics of a benchmark protein and on selected cytoskeletal protein 4. Explore field strength and frequency dependence of the electric field effects on proteins |
| Seznam odborné literatury |
| 1. Shaik, Sason, and Thijs Stuyver. Effects of Electric Fields on Structure and Reactivity. Royal Society of Chemistry, 2021. https://doi.org/10.1039/9781839163043.
2. English, Niall J., and Conor J. Waldron. “Perspectives on External Electric Fields in Molecular Simulation: Progress, Prospects and Challenges.” Phys. Chem. Chem. Phys. 17, no. 19 (2015): 12407–40. https://doi.org/10.1039/C5CP00629E. 3. Hekstra, Doeke R., K. Ian White, Michael A. Socolich, Robert W. Henning, Vukica Šrajer, and Rama Ranganathan. “Electric-Field-Stimulated Protein Mechanics.” Nature 540, no. 7633 (December 7, 2016): 400–405. https://doi.org/10.1038/nature20571 |