Využití Ramanovy optické aktivity při studiu konformace strukturně významných skupin v peptidech a proteinech
| Název práce v češtině: | Využití Ramanovy optické aktivity při studiu konformace strukturně významných skupin v peptidech a proteinech |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Raman optical activity and conformation of structurally important groups in peptides and proteins |
| Akademický rok vypsání: | 2007/2008 |
| Typ práce: | diplomová práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Fyzikální ústav UK (32-FUUK) |
| Vedoucí / školitel: | prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 03.10.2007 |
| Datum zadání: | 03.10.2007 |
| Datum a čas obhajoby: | 14.09.2009 00:00 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 05.08.2009 |
| Datum odevzdání tištěné podoby: | 05.08.2009 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 14.09.2009 |
| Oponenti: | RNDr. Josef Kapitán, Ph.D. |
| Konzultanti: | Ing. Petr Maloň, CSc. |
| RNDr. Vladimír Kopecký, Ph.D. | |
| Zásady pro vypracování |
| 1. Prostudovat určenou literaturu a zpracovat rešerši postihující současný stav rozvoje Ramanovy optické aktivity aminokyselin, peptidů a proteinů.
2. Zvládnout měření na ROA spektrometru, přípravu vzorků a zpracování experimentálních dat. 3. Proměřit ROA spektra vybraného souboru modelových látek a navrhnout jejich strukturní interpretaci. 4. Ověřit získané výsledky na vybraném peptidu nebo malém proteinu. |
| Seznam odborné literatury |
| 1. Barron LD: Molecular light scattering and optical activity. Cambridge University Press, Cambridge 2004
2. Barron LD, Blanch EW, Hecht L: Unfolded proteins studied by Raman optical activity. Advances in Protein Chemistry 62, 51-90 (2002). 3. Kapitán J: Teoretický a experimentální rozvoj Ramanovy optické aktivity jako metody studia biomolekul ve vodném prostředí. Dizertační práce, MFF UK, Praha 2006. 4. Kapitán J., Baumruk V., Bouř P.: Demonstration of the Ring Conformation in Polyproline by the Raman Optical Activity. J. Am. Chem. Soc. 128, 2438-2443 (2006). 5. Kapitán J., Baumruk V., Kopecký V. Jr., Bouř P.: Conformational Flexibility of L-Alanine Zwitterion Determines Shapes of Raman and Raman Optical Activity Spectral Bands. J. Phys. Chem. A 110, 4689-4696 (2006). 6. Kapitán J., Baumruk V., Hulačová H., Maloň P.: Raman Optical Activity of Hinge Peptide. Vibrational Spectrosc. 42, 88-92 (2006). |
| Předběžná náplň práce |
| Ramanova optická aktivita (ROA) je moderní experimentální metoda umožňující mimo jiné detailně studovat strukturu a další vlastnosti peptidů a proteinů v roztoku. Ve spolupráci s Ústavem organické chemie a biochemie AVČR byly také vyvinuty nové výpočetní postupy umožňující velmi efektivní analýzu a interpretaci spektrálních dat včetně zahrnutí konformační flexibility molekul v roztoku do výpočtu.
Diplomová práce bude řešena na unikátní aparatuře (jediné ve střední a východní Evropě a jedné z mála na světě) vybudované na oddělení fyziky biomolekul Fyzikálního ústavu UK. S užitím vhodně vybraných modelových látek se pokusíme nalézt a ověřit vztah mezi trojrozměrnou strukturou a Ramanovou optickou aktivitou disulfidové nebo amidové skupiny. Získané výsledky aplikujeme na konformační analýzu těchto skupin ve větším peptidu nebo malém proteinu. |