Vyšetření poměru isoforem 201 a 204 genu SUCLG2 u vybraných tumorů

• Název práce v češtině: Vyšetření poměru isoforem 201 a 204 genu SUCLG2 u vybraných tumorů
• Název v anglickém jazyce: Investigation of the ratio of the isoforms 201 and 204 of the SUCLG2 gene in selected tumors.
• Akademický rok vypsání: 2024/2025
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra antropologie a genetiky člověka (31-110)
• Vedoucí / školitel: MUDr. Aleš Vícha, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 25.11.2024
• Datum zadání: 25.11.2024
• Datum potvrzení stud. oddělením: 27.01.2025

Předběžná náplň práce

Gen SUCLG2 (sukcinyl-CoA ligáza GDP-formující podjednotka beta) kóduje podjednotku enzymu sukcinyl-CoA ligázy, který zajišťuje kritické kroky v Krebsově cyklu, a tedy v hlavní metabolické dráze energetického metabolismu v mitochondriích. Tato dráha nejen podporuje buněčné dýchání, ale také vytváří klíčové meziprodukty pro syntézu ATP prostřednictvím oxidační fosforylace. SUCLG2 se tak podílí na propojení Krebsova cyklu s mitochondriálním komplexem II (CII), tedy sukcinát dehydrogenázou (SDH), což zajišťuje nezbytný tok elektronů pro respirační řetězec a stabilitu produkce ATP. Komplex II tak nejen oxiduje sukcinát na fumarát, ale také přispívá ke stabilitě a účinnosti mitochondriálního dýchacího řetězce. V poslední době byly u SUCLG2 objeveny dvě odlišné izoformy, SUCLG2-201 a SUCLG2-204, které vznikají alternativním sestřihem mRNA. Tato variabilita je funkčně odlišná: zatímco izoforma 201 podporuje samotnou GDP-formující aktivitu enzymu a pro svou funkci je z
Závislá na interakci s SUCLG1, izoforma 204 napomáhá sestavení a stabilizaci celého komplexu II. Tento jedinečný fenomén, kdy dvě izoformy téhož proteinu působí na následný enzymatický komplex s různými funkcemi, představuje dosud ne zcela objasněný model mitochondriální regulace a ukazuje se jako klíčový v metabolismu specifických nádorů.
Naše předběžná data ukazují (vyšetření 3 vzorků tumorů), že i v rámci jedné skupiny tumorů, feochromocytomů a paragangliomy (PPGL) může být různá exprese variant 201 a 204, kdy v jednom vzorku převažovala izoforma 201, ve druhem izoforma 204 a u třetího vzorku byl poměr obou variant vyrovnaný.
Cílem studie je vyšetření poměru exprese jednotlivých izoforem ve vybraných tumorech PPGL, nefroblastomu a neuroblastomu. Porovnáme námi získaná data z expresí isoforem 201 a 204 s dalšími molekulárně biologickými znaky u jednotlivých tumorů (např PPGL v závislosti na germinální/somatické mutaci, u neuroblastomu v závislostí na MYCN onkogenu a u nefroblastomu na podkladě del 1p, del 16q a gain 1q).
Hypotéza: Bude poměr izoforem 201 a 204 u jednotlivých tumorů shodný v rámci jedné nádorové skupiny?
K průkazu exprese izoforem bude využita technika RT-PCR. RT-PCR pro stanovení expresí izoforem 201, 204 studentka samostatně zavede včetně kalibračních křivek z plazmidů. Po ustanovení reakce samostatně vyšetří vzorky tumoru. Zároveň se bude studentka podílet na vyšetřování biologických znaků u prospektivních vzorků (array SNP, metylační array SNP, FISH)
Do studie bude celkově zařazeno 157 tumorů (v každé skupině přibližně 50)