Studium integrace DNA nádorových virů

• Název práce v češtině: Studium integrace DNA nádorových virů
• Název v anglickém jazyce: The study of tumour DNA virus intergrations
• Klíčová slova: lidský papilomavirus, polyomavirus Merkelových buněk, DIPS PCR, virová integrace, karcinogeneze
• Klíčová slova anglicky: human papillomaviruses, Merkell cell polyomaviruses, DIPS PCR, viral integration, carcinogenesis
• Akademický rok vypsání: 2021/2022
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Martina Saláková, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 09.11.2021
• Datum zadání: 12.11.2021
• Datum potvrzení stud. oddělením: 12.11.2021
• Datum odevzdání elektronické podoby: 10.08.2023
• Datum proběhlé obhajoby: 14.09.2023
• Oponenti: Mgr. Vojtěch Šroller, Ph.D.
• Konzultanti: RNDr. Jana Šmahelová

Předběžná náplň práce

Viry hrají mimo jiné důležitou roli při vzniku lidských nádorů. Odhaduje, že celkem až 15 % všech lidských nádorů lze připsat virovým infekcím. Nádorové viry, jako jsou lidské papilomaviry a polyomavirus Merkelových buněk, exprimují virové onkogeny, které přímo přispívají k buněčné transformaci a tím vývoji nádoru. Nicméně proces karcinogeneze vedoucí k transformovanému buněčnému fenotypu je vícestupňový a pro vývoj nádoru jsou kromě perzistence virů nutné další změny. Jedním z mechanismů karcinogeneze je integrace virů do hostitelského genomu. K integraci virové DNA často dochází na tzv. „hot-spot“ místech lidského genomu, které jsou často mutovány. Předpokládá se, že v důsledku integrace dochází ke změně exprese virových onkogenů a následné deregulaci či inaktivaci kritických kontrolních bodů buněčného cyklu, což vede ke zvýšené genetické nestabilitě hostitelské buňky. Virová integrace napomáhá strukturálním změnám hostitelského genomu, které mají přímo za následek aktivaci buněčných onkogenů či represi nádorových supresorů, jako je MYC nebo PT63.
Tato diplomová práce se zaměří na studium míst integrace lidských papilomavirů a polyomaviru Merkelových buněk v nádorech asociovaných s těmito viry a vliv této integrace na expresi genů přímo souvisejících s integračním místem.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

Viruses play an important role in the development of human tumors. It estimates that a total of up to 15% of all human tumors can be attributed to viral infections. Tumor viruses, such as human papillomaviruses and Merkel cell polyomavirus, express viral oncogenes that directly contribute to cell transformation and thus tumor development. However, the process of carcinogenesis leading to a transformed cellular phenotype is multi-step process and other changes are necessary for tumor development in addition to virus persistence. One of the mechanisms of carcinogenesis is the integration of viruses into the host genome. Viral DNA integration often occurs at hot-spot sites in the human genome. Integration is thought to alter the expression of viral oncogenes and subsequently deregulate or inactivate critical cell cycle checkpoints, leading to increased genetic instability of the host cell. Viral integration can lead to structural changes in the host genome that directly result in the activation of cellular oncogenes or the repression of tumor suppressors such as MYC or PT63.

This thesis will focus on the study of integration sites of human papillomaviruses and Merkel cell polyomavirus in tumors associated with these viruses and the influence of this integration on the expression of genes directly related to the integration site.