Evoluce systému RAYT/REP u bakterií rodu Stenotrophomonas

• Název práce v češtině: Evoluce systému RAYT/REP u bakterií rodu Stenotrophomonas
• Název v anglickém jazyce: Evolution of RAYT/REP system in Stenotrophomonas
• Klíčová slova: IS, komparativní genomika, RAYT, REP, Stenotrophomonas, YPAL
• Klíčová slova anglicky: IS, comparative genomics, RAYT, REP, Stenotrophomonas, YPAL
• Akademický rok vypsání: 2021/2022
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Jaroslav Nunvář, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 29.10.2021
• Datum zadání: 29.10.2021
• Datum potvrzení stud. oddělením: 29.10.2021
• Datum odevzdání elektronické podoby: 09.08.2023
• Datum proběhlé obhajoby: 14.09.2023
• Oponenti: RNDr. Jiří Zahradník, Ph.D.
• Ocenění: Práce byla navržena na ocenění

Předběžná náplň práce

REP (repetitive extragenic palindrom) elementy jsou velmi abundantní skupinou repetitivních DNA sekvencí, které jsou jinak v bakteriálních genomech velmi vzácné. Proteiny rodiny RAYT (REP-associated tyrosine transposase) jsou na základě několika přímých a mnoha nepřímých dokladů považovány za mobilizátory a diseminátory REP elementů.
Cílem diplomové práce je rekonstruovat evoluční historii interakčního RAYT/REP u rodu Stenotrophomonas. Práce bude spočívat v bioinformatické analýze přibližně stovky kompletních genomů rodu Stenotrophomonas. Stěžejní částí práce bude analýza variability REP elementů a RAYT proteinů a jejich koevoluce.