Raman Microspectroscopy Data Processing

• Název práce v češtině: Zpracování dat z Ramanovy mikrospektroskopie
• Název v anglickém jazyce: Raman Microspectroscopy Data Processing
• Klíčová slova: Raman|vibrační spektroskopie|spektrální analýza|aplikace|Python
• Klíčová slova anglicky: Raman|vibrational spectroscopy|spectral analysis|application|Python
• Akademický rok vypsání: 2020/2021
• Typ práce: bakalářská práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra teoretické informatiky a matematické logiky (32-KTIML)
• Vedoucí / školitel: Mgr. Martin Pilát, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 21.09.2021
• Datum zadání: 28.09.2021
• Datum potvrzení stud. oddělením: 07.10.2021
• Datum a čas obhajoby: 17.06.2022 09:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 11.05.2022
• Datum odevzdání tištěné podoby: 16.05.2022
• Datum proběhlé obhajoby: 17.06.2022
• Oponenti: Mgr. Marta Vomlelová, Ph.D.
• Konzultanti: RNDr. Ing. Jana Pilátová, Ph.D.

Zásady pro vypracování

Ramanova mikrospektroskopie umožňuje mikrospektroskopicky zkoumat chemické složení různých materiálů včetně mikroorganizmů. Výstup z takového mikroskopu potom je obraz, kde v každém bodě je změřené celé Ramanovo spektrum. Na základě tohoto spektra potom lze určit chemické složení v každém bodě obrazu. Velkým problémem ale je právě dávkové zpracování dat z takových mikroskopů. Cílem práce je tedy vytvořit program, který právě takové zpracování zjednoduší.

Student prozkoumá existující literaturu o zpracování Ramanovských spekter a existující software pro jejich zpracování. Na základě nabytých znalostí potom vytvoří aplikaci, která bude umožňovat zpracování Ramanovských mikrospektroskopických dat jak jednotlivě, tak dávkově. Práce bude vypracována ve spolupráci s Fyzikálním ústavem UK a podle požadavků jejích uživatelů.

Seznam odborné literatury

[1] Pan, Liangrui, Peng Zhang, Chalongrat Daengngam, Shaoliang Peng, and Mitchai Chongcheawchamnan. "A review of artificial intelligence methods combined with Raman spectroscopy to identify the composition of substances." Journal of Raman Spectroscopy (2021).
[2] Liu, Ya-Juan, Michelle Kyne, Cheng Wang, and Xi-Yong Yu. "Data mining in Raman imaging in a cellular biological system." Computational and Structural Biotechnology Journal, 18 (2020): 2920.