Půdní prostředí je ze své podstaty variabilní v čase a s ohledem na fyzikální a chemické vlastnosti, dostupnost živin, vody, přítomnost fytotoxických látek, nebo s rostlinou interagujících živých organismů, také prostorově velmi heterogenní. Navrhovaná práce se zaměří na interakci mezi půdním prostředím a vznikající architekturou kořenového systému. Představí klíčové exogenní faktory, které kořenový systém ovlivňují, a stručně shrne možnosti jejich experimentálního sledování. Interakce rostliny s půdním prostředím není jednosměrná, a proto bude v části textu stručně sumarizováno také zpětné ovlivnění blízké rhizosféry rostlinou.