Cílem práce je shrnout poznatky o změnách vyšší taxonomie nálevníků v souvislosti s rozvojem zobrazovacích, molekulárně biologických a molekulárně fylogenetických metod přibližně od roku 1980 do současnosti. Důraz bude kladen na srovnání výsledků fylogenomických analýz s představami založenými na detailním popisu pozice cytoskeletálních elementů bičíkového aparátu.