Morphological, ultrastructural, and transcriptomic characterization of the newly discovered protist lineage SUM-K

• Název práce v češtině: Morfologická, ultrastrukturní a transkriptomická charakterizace nově objevené protistní linie SUM-K
• Název v anglickém jazyce: Morphological, ultrastructural, and transcriptomic characterization of the newly discovered protist lineage SUM-K
• Klíčová slova: extruzómy, eukaryotická diverzita, elektrón transportný reťazec, anaeróbny metabolizmus, mitogenóm
• Klíčová slova anglicky: extrusomes, eukaryotic diversity, electron transport chain, anaerobic metabolism, mitogenome
• Akademický rok vypsání: 2019/2020
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra zoologie (31-170)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Ivan Čepička, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem, čeká na schválení garantem
• Datum přihlášení: 17.11.2019
• Datum zadání: 17.11.2019
• Datum odevzdání elektronické podoby: 11.08.2021
• Datum proběhlé obhajoby: 03.09.2021
• Oponenti: prof. Ing. Miroslav Oborník, Ph.D.
• Konzultanti: Mgr. Tomáš Pánek, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Organismus SUM-K byl objeven jako kontaminant laboratorní kultury mořských anaerobních nálevníků na základě analýzy metagenomu společenstva v této kultuře. Nyní je SUM-K k dispozici v monoeukaryotické kultuře. Je to malý bičíkovec s nezvyklou morfologií. Fylogenetická analýza založená na genu pro SSU rRNA ukázala, že SUM-K pravděpodobně představuje dosud neobjevenou hlubokou eukaryotickou linii a že jeho výzkum může pžispět k pochopení evoluce eukaryot jako takových. Z metagenomu byl zrekonstruován mitochondriální genom, který také vykazuje některé zajímavé vlastnosti. Cílem práce je fylogenomická analýza založená na nově získaných transkriptomických datechm, která by měla vyřešit fylogenetickou pozici organismu SUM-K. Transktipromická data budou též použita k predikci energetického metabolismu, jsou totiž indicie, že SUM-K bymohl být fakultativní anaerob nebo mikroaerofil. Další částí bude výzkum bičíkového aparátu pomocí transmisní elektronové mikroskopie.