Diplomová práce bude navazovat na obhájenou práci "Studium interakcí hlavního strukturního proteinu polyomavirů se strukturami hostitelských buněk". V rámci této práce bylo identifikováno několik skupin proteinů jako potencionální interakční partneři hlavního strukturního proteinu polyomaviru BK. Konkrétně se tato práce bude zabývat studiem interakcí hlavního kapsidového proteinu polyomavirů - VP1 s proteiny jaderné matrix (hlavně laminu A/C a matrinu-3) a RNA helikázou DHX 9. První část práce bude věnována ověření a charakterizaci interakce VP1 a laminu A/C, matrinu-3 nebo DHX 9 metodami imunofluorescence a imunoprecipitace v infikovaných buňkách nebo v buňkách transientně produkujících protein VP1. Po ověření interakce bude charakterizován význam a zapojení těchto proteinů v replikačním cyklu lidského BK polyomaviru a myšího polyomaviru (např. vliv snížené exprese vybraného proteinu pomocí siRNA, vliv inhibitorů nebo nadprodukce daného proteinu na replikaci viru).
